Esta es la aplicación de Linux llamada Meraculous-2D para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como Meraculous-v2.2.6.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada Meraculous-2D para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SCREENSHOTS
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Meraculous-2D para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN
----------------------------------------IMPORTANTE: Meraculous-2D ha sido reemplazado por el ensamblador HipMer. Consíguelo desde aquí: https://sourceforge.net/projects/hipmer/
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Meraculous-2D es un ensamblador de genoma completo para lecturas NGS (Illumina) que es capaz de ensamblar genomas diploides grandes con requisitos computacionales modestos. Las características incluyen:
- Eficiente recuento de k-mer y recorrido de gráfico deBruijn
- Dos modos de manejo de la variación alélica diploide
- Andamio mejorado que produce ensamblajes más completos sin comprometer la precisión del andamio.
El ensamblaje es impulsado por una tubería de perl que realiza la fragmentación de datos y el equilibrio de carga, así como el envío y monitoreo de múltiples arreglos de tareas en un clúster de tipo GE / SLURM o un servidor de múltiples núcleos independiente.
Manuscritos en envío:
https://arxiv.org/abs/1703.09852
https://arxiv.org/abs/1608
Caracteristicas
- Ensamblaje del genoma eucariota
- Modos especializados para el ensamblaje de genomas de alta y baja heterocigosidad
- Ejecución distribuida incorporada
- Operaciones espaciales eficientes de k-mer
- Implementación de servidor único y lista para clústeres (lista para AWS)
Audiencia
Ciencia / Investigación
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
Perl, C ++
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/meraculous20/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
