Esta es la aplicación de Linux llamada simulate_pcr cuya última versión se puede descargar como simulate_PCR-v1.2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada simulate_pcr con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
simular_pcr
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DESCRIPCIÓN
La evaluación de la especificidad del cebador y la predicción de los productos de amplificación deseados y fuera del objetivo es un paso esencial para un diseño de ensayo de PCR sólido. Esta secuencia de comandos predice amplicones potenciales de reacción en cadena de la polimerasa (PCR) en una base de datos de secuencia grande como NCBI nt de singleplex o un gran conjunto multiplexado de cebadores, lo que permite que las bases de cebadores y sondas degeneradas, con tolerancia al desajuste de la diana y rango de longitud de amplicón se establezcan por el usuario. El código de simulación de amplicones de PCR también anota amplicones con información genética descargada automáticamente de NCBI y, opcionalmente, puede predecir si también hay coincidencias de sonda TaqMan / Luminex dentro de los amplicones predichos. Es un script Perl de línea de comando de código abierto llamado simulate_PCR.pl que llama a los programas BLAST (Altschul, et al., 1990) makeblastdb, blastn y blastdbcmd, y a la utilidad NCBI efetch (http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.
