Esta es la aplicación de Linux llamada ViralFusionSeq [VFS] para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como vfs-2016-08-17.r2.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada ViralFusionSeq [VFS] para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
ViralFusionSeq [VFS] para ejecutarse en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
VFS se probó completamente en el sistema Ubuntu / Debian.** Anuncio 1 **: VFS es superior a Virus-Clip. https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/files/VFS.vs.Virus-Clip.pdf/download
A partir de 2016, VFS es la única herramienta de integración viral disponible en el sistema NIH HPC.
https://hpc.nih.gov/apps/ViralFusionSeq/
ViralFusionSeq (VFS) es una herramienta versátil de secuenciación de alto rendimiento (HTS) para descubrir eventos de integración viral y reconstruir transcripciones de fusión con una resolución de base única.
VFS combina información de recorte suave, análisis de pares de lectura y ensamblaje de novo dirigido para descubrir y anotar eventos de fusión viral-humana.
Se utiliza un modelo estadístico empírico simple pero eficaz para evaluar la calidad de los puntos de corte de fusión.
Se requieren parámetros mínimos definidos por el usuario.
El código fuente con el manual del usuario y la guía de instalación de VFS está disponible en la sección "Archivos" de sourceforge.
Cita: http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/
Caracteristicas
- Aplicable y completamente probado usando datos de RNA-Seq y DNA-Seq
- Utilice información de secuencia recortada (CS) y de extremo emparejado (RP) para descubrir la integración viral
- Reconstrucción de la secuencia de transcripción de fusión utilizando información de CS y RP
Audiencia
Ciencia / Investigación
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/viralfusionseq/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarse online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.