Esta es la aplicación de Linux llamada PRIMUS para ejecutarse en Linux en línea, cuya última versión se puede descargar como URLtoLastestPRIMUSversion.txt. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada PRIMUS para ejecutar en Linux en línea con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
PRIMUS para ejecutar en Linux en línea
DESCRIPCIÓN:
NUEVO: Descargue la nueva versión con Pedigree Reconstruction en primus.gs.washington.eduEsta versión está desactualizada e incompleta. Visite el nuevo sitio web para obtener la versión completa de PRIMUS.
Presentamos un método adaptado de la teoría de grafos que siempre identifica el conjunto máximo de individuos no relacionados en cualquier conjunto de datos y permite que los parámetros de ponderación se utilicen en la selección de muestras no relacionadas. PRIMUS lee estimaciones de IBD generadas por el usuario y genera el conjunto máximo posible de individuos no relacionados, dado un umbral específico de parentesco. También se puede utilizar información adicional para la selección preferencial de individuos. Por ejemplo, cuando hay dos conjuntos máximos de igual tamaño de individuos no relacionados en una red, PRIMUS puede seleccionar preferentemente el conjunto con más individuos afectados.
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Software relevante:
http://students.washington.edu/jeanm5/Simulate_IBD_Python.ta
Caracteristicas
- Identifica el conjunto máximo de individuos no relacionados de un conjunto de datos genéticos
- Agrupa las muestras en redes familiares
- Genera archivos .dot para visualizar redes familiares.
Público
Industria de la salud, Ciencia / Investigación, Educación
Lenguaje de programación
Perl
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/primus-beta/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.