Esta es la aplicación de Linux llamada SnowyOwl cuya última versión se puede descargar como SnowyOwl-2.0.3.tar.gz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada SnowyOwl con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
CAPTURAS DE PANTALLA:
Buho Nevado
DESCRIPCIÓN:
SnowyOwl es una tubería de predicción de genes que utiliza datos de RNA-Seq para entrenar y proporcionar pistas para la generación de predicciones de genes basadas en el modelo de Markov oculto (HMM) y para evaluar los modelos resultantes. La tubería ha sido validada y optimizada al comparar sus predicciones con modelos de genes curados manualmente en tres genomas de hongos, y sus resultados muestran aumentos sustanciales en la sensibilidad y selectividad con respecto a las predicciones de genes anteriores. La sensibilidad se gana ejecutando repetidamente el predictor del gen HMM Augustus con parámetros de entrada variados, y la selectividad al elegir los modelos con la mejor homología con proteínas conocidas y la mejor concordancia con los datos de RNA-Seq. SnowyOwl ha predicho con éxito genes en 26 genomas fúngicos novedosos.
La tubería se puede instalar localmente para un alto rendimiento y control sobre la configuración. También se puede ejecutar en un servidor remoto a través de una conveniente interfaz web para uso ocasional.
Caracteristicas
- Predicción de genes utilizando datos de RNA-Seq
- Alta sensibilidad y especificidad.
- Pipeline optimizado y validado con modelos de genes seleccionados manualmente
- Altamente configurable
- Configuración predeterminada para hongos ascomicetos y basidiomicetos
- Instale y ejecute localmente para control y flexibilidad
- Ejecutar de forma remota a través de una interfaz web para mayor comodidad
Público
Ciencia / Investigación, Usuarios finales avanzados
Interfaz de usuario
Basado en web, línea de comandos, GTK +
Lenguaje de programación
Pitón, PHP
Categorías
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/snowyowl/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.