Esta es la aplicación de Linux llamada SOAPdenovo2 cuya última versión se puede descargar como SOAPdenovo2-src-r240.tgz. Se puede ejecutar en línea en el proveedor de alojamiento gratuito OnWorks para estaciones de trabajo.
Descargue y ejecute en línea esta aplicación llamada SOAPdenovo2 con OnWorks de forma gratuita.
Siga estas instrucciones para ejecutar esta aplicación:
- 1. Descargue esta aplicación en su PC.
- 2. Ingrese en nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 3. Cargue esta aplicación en dicho administrador de archivos.
- 4. Inicie el emulador en línea OnWorks Linux o Windows en línea o el emulador en línea MACOS desde este sitio web.
- 5. Desde el SO OnWorks Linux que acaba de iniciar, vaya a nuestro administrador de archivos https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX con el nombre de usuario que desee.
- 6. Descarga la aplicación, instálala y ejecútala.
SOAPdenovo2
DESCRIPCIÓN:
¿Qué sigue de SOAPdenovo2:
MEGAHIT es el sucesor formal de SOAPdenovo2
MEGAHIT: una solución ultrarrápida de un solo nodo para ensamblajes metagenómicos grandes y complejos a través de un sucinto gráfico de Bruijn
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
Último código en GitHub:
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo es un nuevo método de ensamblaje de lectura corta que puede construir un ensamblaje de borrador de novo para genomas de tamaño humano. El programa está especialmente diseñado para ensamblar lecturas breves de Illumina. Crea nuevas oportunidades para construir secuencias de referencia y realizar análisis precisos de genomas inexplorados de una manera rentable. SOAPdenovo2 es el sucesor de SOAPdenovo. Cite el artículo publicado en GigaScience (consulte el sitio web a continuación) si desea citar SOAPdenovo2.
Público
Ciencia / Investigación, Desarrolladores
Interfaz de usuario
Línea de comando
Lenguaje de programación
C ++, C
Entorno de base de datos
Archivo plano
Esta es una aplicación que también se puede obtener de https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/. Se ha alojado en OnWorks para poder ejecutarlo online de la forma más sencilla desde uno de nuestros Sistemas Operativos gratuitos.