این دستور autodocktools است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
adt - AutoDockTools، یک جلوی گرافیکی برای AutoDock
خلاصه
runAdt [گزینه های]
شرح
این صفحه دستی ترجمه تقریباً تحت اللفظی خروجی ارائه شده توسط است runAdt -h
فرمان
OPTIONS
خلاصه ای از گزینه ها در زیر گنجانده شده است. برای توضیحات کامل به ادامه مطلب مراجعه کنید
آموزش ها و مستنداتی که به صورت آنلاین در دسترس هستند.
-h، --کمک
نمایش خلاصه گزینه ها
-a or --از نو
پخش فایل lastlog
--overwriteLog
بازنویسی فایل گزارش
--uniqueLog
یک فایل گزارش با یک نام منحصر به فرد ایجاد کنید
--noLog
ورود به سیستم را خاموش کنید
--noSplash
Splash Screen را خاموش کنید
-- بمیر حلقه رویداد GUI را شروع نکنید
-- سفارشی کننده پرونده
فایل مشخص شده توسط کاربر را اجرا کنید
--lib نام بسته
یک کتابخانه از دستورات اضافه کنید
-v r, --چشم انداز اجرا
شبکه های ویژن را در خط فرمان اجرا کنید
-v o, --چشم انداز یک بار
شبکه های ویژن را اجرا کنید و از ADT خارج شوید
-d or --dmode حالت های
حالت نمایش را مشخص کنید
حالت ها می توانند ترکیبی از حالت نمایش باشند
'cpk': cpk
'خطوط': خطوط
'ss': روبان ساختار ثانویه
'sb': چوب و توپ
"لیک": شیرین بیان
'ms': سطح مولکولی
'ca': C-alpha trace
'bt': رد ستون فقرات
'sp': CA-spline
'sssb': ساختار ثانویه برای پروتئین ها، چوب ها و توپ ها برای
باقی مانده های دیگر با خطوط پیوند برای باقی مانده های دیگر بدون باند
-c or --cmode حالت های
یک طرح رنگی حالت dispaly را مشخص کنید:
'ca': رنگ به اتم
'cr': رنگ بر اساس باقیمانده (طرح RASMOL)
'cc': رنگ به زنجیره
'cm': رنگ به مولکول
'cdg': رنگ با استفاده از طرح دیوید گودسل
'cs': باقی مانده های رنگ با استفاده از طرح Shapely
'css': رنگ بر اساس عنصر ساختار ثانویه
مثال:
نمایش پروتئین به عنوان روبان، غیر پروتئینی به عنوان چوب و توپ و رنگ بر اساس نوع اتم
adt -i --dmode sssb --cmode cr myprot.pdb
adt -i -m sssb -c cr myprot.pdb
با استفاده از خدمات onworks.net از autodocktools به صورت آنلاین استفاده کنید