ClonalFrame - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

ClonalFrame - استنتاج ریز تکامل باکتری با استفاده از داده های توالی چند مکان

خلاصه

فایل خروجی فایل ورودی ClonalFrame [OPTIONS]

شرح

ClonalFrame روابط کلونال بین اعضای یک نمونه را شناسایی می کند، در حالی که
همچنین تخمین موقعیت کروموزومی رویدادهای نوترکیبی همولوگ که دارند
وراثت کلونال را مختل کرد.

گزینه های ارسال:

-x NUM تعداد تکرارها را پس از رایت در تنظیم می کند (پیش فرض 50000 است)

-y NUM تعداد تکرارهای رایت را تنظیم می کند (پیش فرض 50000 است)

-z NUM تعداد تکرارها را بین نمونه ها تنظیم می کند (پیش فرض 100 است)

-e NUM تعداد جابه‌جایی‌های تعویض شاخه را در هر تکرار تنظیم می‌کند (پیش‌فرض این است که نیمی از
زمان صرف تعویض شاخه می شود)

-m NUM مقدار اولیه تتا را روی NUM تنظیم می کند (پیش فرض تخمین واترسون است)

-d NUM مقدار اولیه دلتا را روی NUM تنظیم می کند (پیش فرض 0.001 است)

-n NUM مقدار اولیه nu را روی NUM تنظیم می کند (پیش فرض 0.01 است)

-r NUM مقدار اولیه R را به NUM تنظیم می کند (پیش فرض تتا/10 اولیه است)

-M مقدار تتا را به روز کنید

-D مقدار دلتا را به روز نکنید

-N مقدار nu را به روز نکنید

-R مقدار R را به روز نکنید

-T توپولوژی را به روز نکنید

-A سن گره ها را به روز نکنید

-G تمام شکاف ها را حذف کنید

-H تمام شکاف ها را در موقعیت های غیر چند شکلی بردارید

-t NUM مشخص کنید از کدام درخت اولیه استفاده کنید: 0 برای درخت پوچ، 1 برای یک درخت انتخاب شده یکنواخت
درخت به هم پیوسته و 2 برای درخت UPGMA (پیش‌فرض)

-w فایل
از فایل Newick برای درخت اولیه استفاده کنید

-a NUM اولین پارامتر توزیع قبلی بتای nu را تنظیم می کند

-b NUM پارامتر دوم توزیع بتای قبلی nu را تنظیم می کند

-U از پیشین های یکنواخت برای rho، تتا و دلتا استفاده کنید

-B در حالت BURST اجرا شود

-C در حالت UPGMA با رویه بوت استرپ سایت به سایت اجرا کنید

-c در حالت UPGMA با رویه بوت استرپ قطعه به قطعه اجرا کنید

-S NUM، seed را برای مولد اعداد تصادفی روی NUM تنظیم می کند

-E NUM نرخ رشد نمایی را تنظیم می کند (پیش فرض 0 است)

-I اولین بلوک در تراز را نادیده می گیرد

-L قبل از اجرای ClonalFrame، تراز را پاک کنید

-l حداقل فاصله بین دو سایت مرجع (پیش فرض 50 است)

-v حالت مفصل

از ClonalFrame به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید