compstruct - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

compstruct - محاسبه دقت پیش‌بینی‌های ساختار ثانویه RNA

خلاصه

فشرده سازی [گزینه ها] trusted_file test_file

شرح

فشرده سازی دقت پیش‌بینی‌های ساختار ثانویه RNA را در هر
پایه جفت پایه در trusted_file حاوی یک یا چند توالی با RNA قابل اعتماد (معروف) است
حاشیه نویسی ساختار ثانویه در test_file شامل همان دنباله ها، در همان
ترتیب، با حاشیه نویسی ساختار ثانویه RNA پیش بینی شده. فشرده سازی ساختارها را می خواند
و آنها را با هم مقایسه می کند و هر دو حساسیت را محاسبه می کند (تعداد جفت پایه واقعی که
به درستی پیش‌بینی می‌شوند) و ویژگی (ارزش اخباری مثبت، تعداد
جفت های پایه پیش بینی شده که درست هستند). نتایج برای هر دنباله جداگانه گزارش می شود،
و به طور خلاصه برای همه دنباله ها با هم.

هر دو فایل باید دارای حاشیه نویسی ساختار ثانویه در نماد WUSS باشند. فقط SELEX و
فرمت های استکهلم در حال حاضر از نشانه گذاری ساختار پشتیبانی می کنند.

تعریف پیش فرض یک جفت پایه درست پیش بینی شده این است که یک جفت واقعی (i,j) باید
دقیقاً با یک جفت پیش بینی شده (i,j) مطابقت دارد.

متیوز، زوکر، ترنر و همکاران (نگاه کنید به: Mathews et al., JMB 288:911-940, 1999) از یک
تعریف راحت تر ماتیوس "درست" را اینگونه تعریف می کند: یک جفت واقعی (i,j) است
اگر هر یک از جفت‌های زیر پیش‌بینی شود، به درستی پیش‌بینی می‌شود: (i،j)، (i+1،j)، (i-1،j)،
(i,j+1)، یا (i,j-1). این قانون اجازه می دهد تا "مارپیچ های لغزنده" توسط یک پایه جدا شوند. در -m
گزینه این قانون را هم برای حساسیت و هم برای ویژگی فعال می کند. برای مشخص بودن،
قانون معکوس می شود: جفت پیش بینی شده (i,j) درست در نظر گرفته می شود اگر ساختار واقعی باشد
شامل یکی از پنج جفت (i،j)، (i+1،j)، (i-1،j)، (i،j+1)، یا (i،j-1) است.

OPTIONS

-h چاپ راهنمای مختصر. شامل شماره نسخه و خلاصه همه گزینه ها از جمله
گزینه های متخصص

-m به جای اینکه نیاز به دقت داشته باشید، از قانون دقت آرام ماتیوز استفاده کنید (به بالا مراجعه کنید).
پیش بینی جفت پایه

-p جفت‌های پایه شبه گره‌دار را برای دقت بشمارید، چه در موارد قابل اعتماد و چه در پیش‌بینی‌شده
سازه های. به طور پیش فرض، شبه گره ها نادیده گرفته می شوند.

به طور معمول، فقط trusted_file از آنجایی که اکثر RNA ها دارای حاشیه نویسی گره کاذب هستند
برنامه های پیش بینی ساختار ثانویه گره های کاذب را پیش بینی نمی کنند. با استفاده از -p
گزینه به شما امکان می دهد برنامه پیش بینی را به دلیل عدم پیش بینی شناخته شده جریمه کنید
گره های کاذب در موردی که هر دو trusted_file و test_file داشته باشد
حاشیه نویسی گره کاذب، -p گزینه به شما امکان می دهد در ارزیابی گره های کاذب را بشمارید
دقت پیش بینی مراقب باشید، با این حال، موردی که از یک شبه دارای قابلیت استفاده می کنید
برنامه پیش بینی برای تولید test_file، اما trusted_file ندارد
حاشیه نویسی گره کاذب; در این مورد، -p هر شبه گره پیش بینی شده را جریمه می کند
وقتی ویژگی را محاسبه می کند، حتی اگر درست باشد، زیرا در آنها ظاهر نمی شوند
حاشیه نویسی مورد اعتماد؛ احتمالاً این چیزی نیست که شما می خواهید انجام دهید.

EXPERT OPTIONS

-- اطلاعات
مشخص کنید که دو فایل توالی فرمت دارند . In این مورد، هر دو فایل ها
باید be in la همان قالب پیش فرض تشخیص خودکار فرمت های فایل است که در آن
در صورتی که آنها می توانند متفاوت باشند (یک SELEX، یکی استکهلم).

--ساکت
هیچ گونه اطلاعات هدر مفصل چاپ نکنید.

از compstruct آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید