این دستور edialigne است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
edialign - تراز چندگانه محلی توالی ها
خلاصه
edialign - توالی ها seqset -nucmode فهرست -revcomp بولی [-همپوشانی انتخاب]
[-پیوند فهرست] [-maxfragl عدد صحیح] -پارگی بولی -fragsim عدد صحیح
[امتیاز آن بولی] [-آستانه شناور] ماسک بولی -دوستار بولی
ستاره عدد صحیح -outfile مجموعه -بیرون sequoutall
edialign -کمک
شرح
edialign یک برنامه خط فرمان از EMBOSS ("European Molecular Biology Open
بسته نرم افزاری"). این بخشی از گروه(های) فرمان "Alignment:Multiple" است.
OPTIONS
ورودی بخش
- توالی ها seqset
اضافی بخش
-nucmode فهرست
حالت تراز توالی اسید نوکلئیک (ساده، ترجمه شده یا ترکیبی) مقدار پیش فرض: n
-revcomp بولی
مقدار پیش فرض: N
-همپوشانی انتخاب
به‌طور پیش‌فرض وزن‌های همپوشانی زمانی استفاده می‌شوند که Nseq =<35 باشد، اما می‌توانید آن را روی «بله» یا تنظیم کنید.
'no' مقدار پیش‌فرض: پیش‌فرض (وقتی Nseq =< 35)
-پیوند فهرست
روش خوشه بندی برای ساخت درخت توالی (UPGMA، حداقل پیوند یا حداکثر
پیوند) مقدار پیش فرض: UPGMA
-maxfragl عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 40
-پارگی بولی
مقدار پیش فرض: N
-fragsim عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 4
امتیاز آن بولی
مقدار پیش فرض: N
-آستانه شناور
مقدار پیش فرض: 0.0
تولید بخش
ماسک بولی
مقدار پیش فرض: N
-دوستار بولی
مقدار پیش فرض: N
ستاره عدد صحیح
مقدار پیش فرض: 4
-outfile مجموعه
-بیرون sequoutall
با استفاده از خدمات onworks.net از edialigne آنلاین استفاده کنید