gmod_load_cvterms.plp - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

load_cvterms.pl - مقایسه می کند که کدام عبارات جدید در فایل در مقایسه با پایگاه داده و
آنها را درج می کند

خلاصه

استفاده: فایل perl load_cvterms.pl -H dbhost -D dbname [-vdntuFo]

پارامترهای

-g نام نمایه پایگاه داده GMOD (می تواند میزبان، نام DB، رمز عبور، نام کاربری و
راننده) پیش‌فرض: «پیش‌فرض»

نام پایگاه داده -s برای پیوند (باید در جدول db باشد، به عنوان مثال GO)

-n نام واژگان کنترل شده (مثلاً 'process_biological'). اختیاری. اگر داده نشد،
شرایط تمام فضاهای نام مرتبط با نام پایگاه داده بررسی خواهد شد.

-F فرمت فایل می تواند obo یا go_flat باشد و موارد دیگر توسط Bio::OntologyIO پشتیبانی می شود.
پیش فرض: obo

-u همه شرایط را به روز کنید. بدون -u، اصطلاحات در پایگاه داده به روز نمی شوند
محتویات فایل، از نظر تعاریف و غیره. اصطلاحات جدید همچنان باقی خواهند ماند
اضافه شده است.

-v خروجی پرمخاطب

-o outfile برای خطاهای نوشتن و پیام های پرمخاطب (اختیاری)

-t حالت آزمایشی. اصلاً هیچ عملیات فروشگاهی را انجام ندهید. (حالت آزمایشی نمی تواند تست شود
درج داده های مرتبط برای عبارات جدید)

در صورت عدم استفاده از نمایه GMOD، گزینه های زیر مورد نیاز است

-H نام میزبان برای پایگاه داده [الزامی است اگر -p استفاده نشود]

نام پایگاه داده -D [الزامی است اگر -p استفاده نشود]

رمز عبور -p (در صورت نیاز به ارائه رمز عبور برای اتصال به db)

نام کاربری -r (در صورت نیاز به ارائه یک نام کاربری برای اتصال به پایگاه داده خود)

نام راننده -d (به عنوان مثال 'Pg' برای postgres). نام درایور را می توان در gmod_config ارائه کرد

اسکریپت هستی شناسی را در فایل و هستی شناسی مربوطه را در پایگاه داده تجزیه می کند،
در صورت وجود این مقایسه می کند که کدام عبارات جدید در فایل در مقایسه با پایگاه داده و
آنها را درج می کند و تمام روابطی را که جدید هستند مقایسه می کند و آنها را درج می کند. حذف می کند
روابطی که در فایل از پایگاه داده مشخص نشده است. هرگز حذف نمی شود
یک ورودی ترم از پایگاه داده

این اسکریپت با طرح چادو کار می کند (به gmod.org مراجعه کنید) و به جداول زیر دسترسی داشته باشید:

db
dbxref
cv
cvterm
cvterm_relationship
مترادف cv
cvterm_dbxref
cvtermprop

عباراتی که در پایگاه داده هستند اما در فایل نیستند، روی is_obsolete=1 تنظیم می شوند. همه
اصطلاحات موجود در پایگاه داده به روز می شوند (در صورت استفاده از گزینه -u) تا منعکس کننده آن باشند
تعاریف اصطلاحی که در فایل موجود است. اصطلاحات جدیدی که در فایل هستند اما در فایل نیستند
پایگاه داده ذخیره می شوند. داده‌های زیر با هر درج/به‌روزرسانی عبارت مرتبط است:

نام اصطلاح
تعریف اصطلاح
روابط با اصطلاحات دیگر
مترادف
شناسه های ثانویه
تعریف dbxrefs
نظرات

از gmod_load_cvterms.plp به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید