gmx-covar - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

gmx-covar - ماتریس کوواریانس را محاسبه و مورب کنید

خلاصه

gmx covar [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xvg>]] [-v [<.trr/.cpt/...>]]
[-از [<.gro/.g96/...>]] [-l [<.log>]] [-آسی [<.dat>]]
[-xpm [<.xpm>]] [-xpma [<.xpm>]] [-b ] [-e ]
[-dt ] [تو ] [-xvg ] [- [نه] مناسب]
[- [نه] رجوع] [-[نه]موا] [-آخر ] [- [نه] پی سی]

شرح

gmx covar ماتریس کوواریانس (با وزن) را محاسبه و مورب می کند. همه
ساختارها در فایل ساختار به ساختار برازش داده می شوند. وقتی این دویدن نیست
تناوب فایل ورودی در نظر گرفته نخواهد شد. هنگامی که برازش و تجزیه و تحلیل گروه
یکسان هستند و آنالیز وزنی ندارد، تناسب نیز غیر خواهد بود
وزن انبوه

بردارهای ویژه در یک فایل مسیر (-v). زمانی که از همان اتم ها برای
برازش و تحلیل کوواریانس، ابتدا ساختار مرجع برای برازش نوشته شده است
با t=-1. میانگین (یا مرجع زمانی که -مرجع استفاده می شود) ساختار با t=0 نوشته شده است،
بردارهای ویژه به صورت فریم با شماره بردار ویژه به عنوان مهر زمانی نوشته می شوند.

بردارهای ویژه را می توان با آن تحلیل کرد gmx آنایگ.

گزینه -آسی کل ماتریس کوواریانس را در یک فایل ASCII می نویسد. دستور از
عناصر عبارتند از: x1x1، x1y1، x1z1، x1x2، ...

گزینه -xpm کل ماتریس کوواریانس را به an می نویسد xpm فایل.

گزینه -xpma ماتریس کوواریانس اتمی را به an می نویسد xpm فایل، یعنی برای هر جفت اتم
مجموع کوواریانس های xx، yy و zz نوشته می شود.

توجه داشته باشید که مورب سازی یک ماتریس به حافظه و زمان نیاز دارد که در افزایش می یابد
حداقل به سرعت مجذور تعداد اتم های درگیر. به راحتی تمام می شود
حافظه، در این صورت احتمالاً این ابزار با یک 'Segmentation fault' خارج می شود. تو باید
به دقت در نظر بگیرید که آیا مجموعه ای از اتم های کاهش یافته نیازهای شما را برای هزینه های کمتر برآورده می کند یا خیر.

OPTIONS

گزینه هایی برای تعیین فایل های ورودی:

-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
مسیر حرکت: xtc TRR cpt غروب g96 پی دی بی tng

-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
ساختار + جرم (db): Tpr غروب g96 پی دی بی brk ent

-n [<.ndx>] (index.ndx) (اختیاری)
فایل فهرست

گزینه هایی برای تعیین فایل های خروجی:

-o [<.xvg>] (eigenval.xvg)
فایل xvgr/xmgr

-v [<.trr/.cpt/...>] (eigenvec.trr)
مسیر دقیق کامل: TRR cpt tng

-از [<.gro/.g96/...>] (average.pdb)
فایل ساختار: غروب g96 پی دی بی brk ent esp

-l [<.log>] (covar.log)
ورود به سیستم فایل

-آسی [<.dat>] (covar.dat) (اختیاری)
فایل داده های عمومی

-xpm [<.xpm>] (covar.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

-xpma [<.xpm>] (covara.xpm) (اختیاری)
فایل ماتریسی سازگار با X PixMap

گزینه های دیگر:

-b (0)
اولین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-e (0)
آخرین فریم (ps) برای خواندن از مسیر

-dt (0)
فقط زمانی از قاب استفاده کنید که t MOD dt = اولین بار (ps)

تو (ps)
واحد مقادیر زمان: fs، ps، ns، us، ms، s

-xvg
قالب بندی نمودار xvg: xmgrace، xmgr، هیچ

- [نه] مناسب (آره)
متناسب با ساختار مرجع

- [نه] رجوع (نه)
از انحراف از ترکیب موجود در فایل ساختار به جای از انحراف استفاده کنید
میانگین

-[نه]موا (نه)
تحلیل کوواریانس وزنی

-آخر (-1)
آخرین بردار ویژه برای نوشتن دور (-1 تا آخرین است)

- [نه] پی سی (آره)
اصلاحات را برای شرایط مرزی دوره ای اعمال کنید

از gmx-covar به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید