این قسمت دستوری است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
insegt - متقاطع نسل دوم توالی داده ها با حاشیه نویسی
خلاصه
insegt [OPTIONS]
شرح
INSEGT ابزاری برای تجزیه و تحلیل ترازهای خوانده شده RNA-Seq (تک انتهایی یا جفتی) است.
با استفاده از حاشیه نویسی ژن
ورودی INSEGT یک فایل SAM حاوی ترازها و یک فایل حاوی ترازها است
حاشیه نویسی ژنوم مرجع، در قالب GFF یا GTF.
-h, --کمک
این پیام راهنما را نمایش می دهد.
- نسخه
نمایش اطلاعات نسخه
گزینه ها: :
-رو, - خروجی خواندن فایل
نام فایل خروجی برای خروجی خواندن، که حاوی حاشیه نویسی های نگاشت شده به دنبال آن است
حاشیه نویسی والدین آنها نوع فایل معتبر: gff.
-به, --anno-output فایل
نام فایل خروجی برای anno-output، که حاوی حاشیه نویسی مشابه GFF است
ورودی و علاوه بر این تعداد قرائت های نقشه برداری شده و عبارت نرمال شده
سطوح در RPKM نوع فایل معتبر: gff.
-به, - خروجی دوتایی فایل
نام فایل خروجی برای خروجی تاپل، که حاوی تاپل های اگزون است که با خواندن یا
جفت جفت نوع فایل معتبر: gff.
-فو, - همجوشی-خروجی STR
نام فایل خروجی برای fusion-output، که حاوی چندین اگزون از همجوشی ژن است
(گزینه پیشرفته، در حال حاضر هیچ پورت خروجی برای KNIME وجود ندارد). یکی از gff.
-n, -- چند گانه INT
ntuple پیش فرض: 2.
-o, ---offset-interval INT
افست به فواصل تراز کوتاه برای جستجو. پیش فرض: 5.
-t, -- آستانه-شکاف INT
آستانه برای شکاف های مجاز در تراز (نه اینترون). پیش فرض: 5.
-c, -- آستانه شمارش INT
آستانه برای دقیقه تعداد تاپل برای خروجی پیش فرض: 1.
-r, -- آستانه-rpkm دو برابر
آستانه برای دقیقه RPKM تاپل برای خروجی. پیش فرض: 0.0
-m, -- حداکثر تاپل
فقط maxTuple (که در کل خوانده شده است) ایجاد کنید.
-e, --exact-ntuple
فقط چند تایی با طول دقیق n ایجاد کنید. به‌طور پیش‌فرض، همه تا طول داده‌شده تاپیک می‌شوند
محاسبه می شوند (اگر -m تنظیم شده است ، -e نادیده گرفته خواهد شد).
-u, - جهت گیری ناشناخته
جهت خواندن نامشخص است.
مثال ها
insegt
example/alignments.sam example/annotations.gff
INSEGT را روی فایل های نمونه با پارامترهای پیش فرض اجرا کنید.
insegt -m example/alignments.sam example/annotations.gff
INSEGT را روی فایل های نمونه اجرا کنید و فقط maxTuple را محاسبه کنید.
insegt -c 2 example/alignments.sam example/annotations.gff
INSEGT را روی فایل های نمونه اجرا کنید و فقط تاپل را با یک دقیقه خروجی بگیرید. شمارش 2
نسخه
نسخه insegt: 1.0 آخرین به روز رسانی 2012-09-11
با استفاده از خدمات onworks.net از insegt آنلاین استفاده کنید