locuspocus - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

locuspocus - مختصات مکان را برای حاشیه نویسی ژن داده شده محاسبه کنید

خلاصه

لوکوسپوکوس [گزینه های] gff3file1 [gff3file2 gff3file3 ...]

شرح

گزینه های اساسی:

-d|--اشکال زدایی
چاپ پیام های اشکال زدایی دقیق در ترمینال (خطای استاندارد)

-h|--کمک
این پیام راهنما را چاپ کنید و خارج شوید

-v|--نسخه
شماره نسخه را چاپ کنید و خارج شوید

تجزیه iLocus:

-l|--دلتا: INT
هنگام تجزیه جایگاه های بازه ای، از دلتای زیر برای گسترش جایگاه های ژنی و گنجاندن آنها استفاده کنید
مناطق نظارتی بالقوه؛ پیش فرض 500 است

-s|--پرداخت
هنگام برشمردن مکان های بازه ای، بدون حاشیه (و احتمالاً ناقص) را حذف کنید.
iLoci در هر دو انتهای دنباله

-e|--endsonly
فقط قطعات iLocus ناقص را در انتهای بدون حاشیه توالی گزارش کنید
(مکمل از -- می گذرد)

-y|--skipiiloci
iLoci بین ژنی را گزارش نکنید

گزینه های اصلاح:

-r|--پالایش
به‌طور پیش‌فرض ژن‌ها در صورت همپوشانی در همان iLocus گروه‌بندی می‌شوند. 'پالودن'
حالت امکان مدیریت دقیق تری از ژن های همپوشانی را فراهم می کند

-c|--CD
استفاده از CDS به جای UTR برای تعیین همپوشانی ژن. به حالت "تصفیه" دلالت دارد

-m|--minoverlap: INT
حداقل تعداد نوکلئوتید دو ژن باید همپوشانی داشته باشند تا در یک گروه قرار گیرند
iLocus; پیش فرض 1 است

گزینه های خروجی:

-n|--namefmt: STR
یک رشته فرمت به سبک printf برای لغو قالب پیش‌فرض شناسه جدید ارائه کنید
مکان های ایجاد شده پیش‌فرض «locus%lu» (locus1، locus2، و غیره) برای مکان‌ها و «iLocus%lu» است
(iLocus1، iLocus2، و غیره) برای مکان فاصله. توجه داشته باشید رشته فرمت باید شامل a باشد
مشخص کننده واحد %lu که باید با یک عدد صحیح بدون علامت بلند پر شود

-i|--ilens: FILE
یک فایل با طول هر iLocus بین ژنی ایجاد کنید

-g|--genemap: FILE
یک نقشه برداری از هر یک از حاشیه نویسی ژن به مکان متناظر آن با داده شده چاپ کنید
پرونده

-o|--outfile: FILE
نام فایلی که نتایج روی آن نوشته خواهد شد. پیش فرض ترمینال است (استاندارد
خروجی)

-T|-- retainids
حفظ شناسه ویژگی اصلی از فایل های ورودی. در صورت ورودی تضاد ایجاد می شود
حاوی مقادیر ID تکراری است

-t|--transmap: FILE
یک نقشه برداری از هر حاشیه نویسی رونوشت به مکان متناظر آن در
فایل داده شده

-V|--پرواژه
شامل تمام ویژگی های فرعی مکان (ژن ها، RNA ها و غیره) در خروجی GFF3. پیش فرض
فقط شامل ویژگی های مکان است

گزینه های ورودی:

-f|--فیلتر: TYPE
لیستی از انواع ویژگی های جدا شده با کاما برای استفاده در ساختن جایگاه/iLoci. پیش فرض است
"ژن"

-p|--والد: CT:PT
اگر یک ویژگی از نوع $CT بدون والد وجود دارد، یک والد برای این ویژگی ایجاد کنید
با نوع $PT؛ به عنوان مثال، mRNA:gene یک ویژگی ژنی را به عنوان والد ایجاد می کند
هر ویژگی mRNA سطح بالا؛ این گزینه را می توان چندین بار مشخص کرد

-u|--شبه
کاذب هایی که به اشتباه برچسب گذاری شده اند را تصحیح کنید

از locuspocus به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید