mafft-homologs - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

mafft-homologs - توالی ها را با همولوگ هایی که به طور خودکار از آنها جمع آوری می شوند، تراز می کند
SwissProt از طریق NCBI BLAST

خلاصه

mafft-homologes [گزینه های] ورودی [> تولید]

شرح

دقت هم‌ترازی چند دنباله‌ای که از دور به هم مرتبط هستند به طور قابل‌توجهی بهبود یافته است
هنگامی که با همولوگ های نزدیک خود تراز می شوند. دلیل بهبود است
احتمالاً همان PSI-BLAST است. یعنی موقعیت های بسیار حفظ شده است
باقی مانده ها، کسانی که شکاف های زیادی دارند و سایر اطلاعات اضافی از نزدیک آورده شده است
همولوگ ها به گفته Katoh و همکاران. (2005)، بهبود با افزودن همولوگ های نزدیک است
10٪ یا بیشتر، که با بهبود با ترکیب اطلاعات ساختاری قابل مقایسه است
از یک جفت دنباله Mafft-homologs در سرور mafft به این صورت عمل می کند:

1. یک عدد (50 به طور پیش فرض) از همولوگ های نزدیک (به طور پیش فرض E=1e-10) ورودی جمع آوری کنید.
دنباله ها

2. توالی های ورودی و همولوگ ها را با هم با استفاده از استراتژی L-INS-i تراز کنید.

3. همولوگ ها را بردارید.

OPTIONS

-a n
تعداد دنباله های جمع آوری شده (پیش فرض: 50).

-e n
مقدار آستانه (پیش‌فرض: 1e-10).

-o xxx
گزینه‌های mafft (پیش‌فرض: " --op 1.53 --ep 0.123 --maxiterate 1000 --localpair
-- سفارش مجدد").

-l
به‌جای NCBI BLAST، جستجوهای BLAST را به صورت محلی انجام می‌دهد (نیاز به نصب محلی دارد
BLAST و یک پایگاه داده).

-f
خروجی های همولوگ جمع آوری شده نیز (پیش فرض: خاموش).

-w
کل توالی‌ها تحت جستجوی BLAST قرار می‌گیرند (پیش‌فرض: فقط منطقه به خوبی تراز شده)

الزامات

نسخه MAFFT > 5.58.

هر کدام از

سیاه گوش (زمانی که از سرور BLAST راه دور استفاده می شود)

BLAST و پایگاه داده توالی پروتئین (زمانی که BLAST محلی استفاده می شود)

مراجع

Katoh, Kuma, Toh and Miyata (Nucleic Acids Res. 33:511-518, 2005) MAFFT نسخه 5:
بهبود دقت تراز چند توالی

با استفاده از خدمات onworks.net از mafft-homologs به صورت آنلاین استفاده کنید