miniasm - آنلاین در ابر

برنامه:

نام

miniasm - اسمبلر de novo برای دنباله های طولانی خواندن

خلاصه

مینییسم [-b12V] [-m minMatch] [-i minIden] [-s minSpan] [-c minCov] [-o minOvlp] [-h
maxHang] [-I intThres] [-g maxGapDiff] [-d maxBubDist] [-e minUtgSize] [-f خواندن فایل] [-n
n دور] [-r نسبت افت] [-F نسبت نهایی قطره] [-p اطلاعات خروجی] نقشه برداری.paf > خروجی.gfa

شرح

Miniasm یک اسمبلر de novo بسیار سریع مبتنی بر OLC برای خواندن طولانی پر سر و صدا است. طول می کشد همه در مقابل-
همه نگاشت‌های خود را در قالب PAF به عنوان ورودی می‌خوانند و یک نمودار اسمبلی را در GFA خروجی می‌دهند.
قالب مینیاسم، متفاوت از مونتاژکنندگان جریان اصلی، مرحله اجماع ندارد. آی تی
به سادگی قطعاتی از دنباله های خوانده شده را به هم متصل می کند تا توالی های واحد نهایی را ایجاد کند. بدین ترتیب
نرخ خطای هر پایه شبیه به خواندن ورودی خام است.

OPTIONS

پیش انتخاب گزینه های
-m INT Drop mappings داشتن کمتر از INT پایه های تطبیق (col10 در PAF) [100]. این
گزینه همان نقش را دارد -L از مینیمپ

-s INT رها کردن نقشه های کوتاه تر از INT-bp [1000]. این گزینه دوم را نیز تحت تأثیر قرار می دهد
دور فیلتر خواندن و حداقل طول همپوشانی.

-i شناور در طول فیلتر کردن خواندن، نگاشت‌های col10/col11 در زیر را نادیده بگیرید شناور [0.05].
نگاشتهای نادیده گرفته شده همچنان برای همپوشانی خواندن استفاده می شوند.

-c INT حداقل پوشش توسط سایر خوانده ها [3]. در دور اول فیلترینگ، مینیاسم
طولانی ترین منطقه تحت پوشش را پیدا می کند INT یا بیشتر خوانده شده در دور دوم، آن را
علاوه بر این نیاز به پوشش هر پایه باقیمانده دارد INT حداقل پایه ها
minSpan/2 از انتهای سایر خوانده ها.

با هم تداخل دارند گزینه های
-o INT حداقل طول همپوشانی [همانند minSpan]

-h INT حداکثر طول اورهنگ [1000]. Overhang یک منطقه بدون نقشه است که باید باشد
با توجه به همپوشانی واقعی یا مهار واقعی، نقشه برداری شده است. اگر اورهنگ بیش از حد طولانی باشد،
نقشه برداری یک تطابق داخلی در نظر گرفته می شود و نادیده گرفته می شود.

-I شناور حداقل نسبت طول نقشه برداری به نقشه برداری + طول پیشروی برای یک نقشه برداری
یک مهار یا همپوشانی در نظر گرفته شده است [0.8]. این گزینه نقشی مشابه دارد
-h، با این تفاوت که نسبت را کنترل می کند نه طول.

گراف طرح گزینه های
-g INT حداکثر اختلاف فاصله بین دو قرائت در یک نقشه برداری [1000]. این پارامتر است
فقط برای کاهش انتقالی استفاده می شود.

-d INT حداکثر فاصله کاوش برای ترکیدن حباب [50000]. حباب های طولانی تر از INT
بریده نخواهد شد

-e INT یک واحد کوچک در نظر گرفته می شود که از کمتر از تشکیل شده باشد INT می خواند [4].
Miniasm ممکن است سعی کند واحدهای کوچک را در مراحل مختلف حذف کند.

-f فایل فایل دنباله را در قالب FASTA یا FASTQ برای تولید توالی واحد بخوانید
[خالی]. اگر این گزینه وجود نداشته باشد، Miniasm یک خروجی GFA بدون آن تولید می کند
دنباله ها

-r FLOAT1،[FLOAT2]
حداکثر و حداقل نسبت افت همپوشانی [0.7,0.5،XNUMX]. اجازه دهید overlap(v->w) همپوشانی باشد
طول یال v->w و maxovlp(v)=max_w{overlap(v->w)} طول بزرگترین باشد
همپوشانی اگر همپوشانی(v->w)/maxovlp(v) زیر یک باشد، مینیاسم همپوشانی v->w را کاهش می دهد.
آستانه کنترل شده توسط این گزینه. مینیاسم اعمال می شود n دور دور کوتاه
حذف همپوشانی با آستانه افزایشی بین FLOAT1 و FLOAT2.

-n INT دور حذف همپوشانی کوتاه [3].

-F شناور آستانه نسبت افت همپوشانی پس از حذف کوتاه واحد [0.8]

متفرقه گزینه های
-b نشان دهید که در ورودی، احتمالاً همان نگاشت دو بار داده می شود

-1 دور اول انتخاب خواندن پیش از مونتاژ را رد کنید

-2 دور دوم انتخاب خواندن پیش از مونتاژ را رد کنید

-p STR اطلاعات خروجی و فرمت [ug]. ممکن است STR مقادیر شامل - بستر: پست-
مناطق خواندن فیلتر شده در قالب BED. PAF: نگاشت بین پس فیلتر شده
می خواند؛ sg: خواندن نمودار همپوشانی در قالب GFA. ug: نمودار واحد در GFA
فرمت.

-V شماره نسخه را در stdout چاپ کنید

INPUT FORMAT

Miniasm موقعیت‌های نگاشت را در قالب Pairwise mapping Format (PAF) می‌خواند که یک TAB- است.
قالب متن محدود شده با هر خط شامل حداقل 12 فیلد همانطور که در توضیح داده شده است
جدول زیر:

┌────┬────────┬─────────────────────────────────── ──────────────────
│سرهنگ │ نوع │ توضیحات: │
├────┼────────┼─────────────────────────────────── ──────────────────
│ 1 │ رشته │ نام دنباله پرس و جو │
│ 2 │ int │ طول دنباله پرس و جو │
│ 3 │ int │ مختصات شروع پرس و جو (بر اساس 0) │
│ 4 │ int │ مختصات پایان پرس و جو (بر اساس 0) │
│ 5 │ char │ `+' اگر پرس و جو و هدف در همان رشته. "-" اگر مخالف │
│ 6 │ رشته │ نام دنباله هدف │
│ 7 │ int │ طول دنباله هدف │
│ 8 │ int │ مختصات شروع هدف در رشته اصلی │
│ 9 │ int │ مختصات پایان هدف در رشته اصلی │
│ 10 │ int │ تعداد پایه های منطبق در نقشه برداری │
│ 11 │ int │ پایه های اعداد، از جمله شکاف ها، در نقشه برداری │
│ 12 │ int │ کیفیت نقشه برداری (0-255 با 255 برای از دست رفته) │
└────┴────────┴─────────────────────────────────── ───────────────────

لطفا مینیماپ(1) برای شرح دقیق هر فیلد.

OUTPUT FORMAT

Miniasm مونتاژ را با فرمت Graphical Fragment Assembly (GFA) خروجی می دهد. این هست یک
فرمت محدود شده بر اساس خط TAB، با حرف اول نوع خط را نشان می دهد.
جدول زیر انواع خطوط استفاده شده توسط مینیاسم را نشان می دهد:

┌─────┬─────────────┬───────────────────────────── ─────────────────────
│لاین │ اظهار نظر │ درست شد زمینه │
├─────┼─────────────┼───────────────────────────── ─────────────────────
│ H │ هدر │ N/A │
│ S │ بخش │ segName segSeq │
│ L │ همپوشانی │ segName1 segOri1 segName2 segOri2 ovlpCIGAR │
│ یک │ مسیر طلایی │ utgName utgStart readName: start-end readOri طول │
└─────┴─────────────┴───────────────────────────── ────────────────────

با استفاده از خدمات onworks.net از miniasm به صورت آنلاین استفاده کنید