این دستور picard-tools است که می تواند در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
picard-tools - فایل های SAM و BAM را دستکاری کنید
خلاصه
picard-ابزار COMMAND [گزینه] ...
شرح
فرمت SAM (تراز توالی/نقشه) یک فرمت عمومی برای ذخیره نوکلئوتیدهای بزرگ است.
ترازهای توالی
Picard Tools شامل این ابزارها برای دستکاری فایل های SAM و BAM است:
AddOrReplaceReadGroups
BamToBfq
BamIndexStats
BuildBamIndex
محاسبه HsMetrics
CleanSam
CollectAlignmentSummaryMetrics
جمع آوری GcBiasMetrics
CollectInsertSizeMetrics
CollectMultipleMetrics
CollectTargetedPcrMetrics
CollectRnaSeqMetrics
مقایسه SAM ها
CreateSequenceDictionary
DownsampleSam
استخراج بارکد Illumina
برآورد پیچیدگی کتابخانه
FastqToSam
FilterSamReads
FixMateInformation
IlluminaBasecallsToFastq
IlluminaBasecallsToSam
بررسی IlluminaDirectory
IntervalListTools
MarkDuplicates
MeanQualityByCycle
MergeBamAlignment
MergeSamFiles
MergeVcfs
نرمال کردن Fasta
Extract Sequences
QualityScore Distribution
سام را دوباره سفارش دهید
SamHeader را جایگزین کنید
RevertSam
SamFormatConverter
SamToFastq
SortSam
VcfFormatConverter
SplitVcfs
اعتبار سام فایل
ViewSam
گزارش نویسی اشکالات
samtools-devel@lists.sourceforge.net
کپی رایت
حق چاپ 2010 موسسه براد
از picard-tools به صورت آنلاین با استفاده از خدمات onworks.net استفاده کنید