این دستوری است که می تواند در ارائه دهنده هاست رایگان OnWorks با استفاده از یکی از چندین ایستگاه کاری آنلاین رایگان ما مانند Ubuntu Online، Fedora Online، شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MAC OS اجرا شود.
برنامه:
نام
آب - چیدمان محلی توالی اسمیت-واترمن
خلاصه
آب - توالی دنباله -توالی seqall [-فایل اطلاعات matrixf] -گپاپن شناور
-gapextend شناور -مختصر بولی -outfile تراز
آب -کمک
شرح
آب یک برنامه خط فرمان از EMBOSS («نرم‌افزار باز زیست‌شناسی مولکولی اروپا» است
سوئیت»). این بخشی از گروه(های) فرمان "Alignment:Local" است.
OPTIONS
ورودی بخش
- توالی دنباله
-توالی seqall
-فایل اطلاعات matrixf
این فایل ماتریس امتیازدهی است که هنگام مقایسه توالی ها استفاده می شود. به طور پیش فرض آن است
فایل "EBLOSUM62" (برای پروتئین ها) یا فایل "EDNAFULL" (برای توالی های نوکلئیک). اینها
فایل‌ها در فهرست «داده» نصب EMBOSS یافت می‌شوند.
ضروری بخش
-گپاپن شناور
پنالتی باز شکاف امتیازی است که هنگام ایجاد شکاف حذف می شود. بهترین ارزش
بستگی به انتخاب ماتریس مقایسه دارد. مقدار پیش فرض فرض می کند که شما از آن استفاده می کنید
ماتریس EBLOSUM62 برای توالی پروتئین و ماتریس EDNAFULL برای نوکلئوتید
دنباله ها مقدار پیش‌فرض: @($(acdprotein)؟ 10.0 : 10.0)
-gapextend شناور
جریمه افزایش شکاف برای هر پایه یا به جریمه استاندارد شکاف اضافه می شود
باقی مانده در شکاف به این ترتیب فاصله های طولانی جریمه می شوند. معمولاً انتظار کمی دارید
شکاف های طولانی به جای بسیاری از شکاف های کوتاه، بنابراین جریمه افزایش شکاف باید کمتر باشد
از پنالتی فاصله یک استثنا در مواردی است که یک یا هر دو دنباله خوانده شوند
با خطاهای احتمالی توالی که در آن صورت شما انتظار بسیاری از شکاف های پایه را دارید.
شما می توانید این نتیجه را با تنظیم جریمه باز شدن شکاف بر روی صفر (یا بسیار کم) و
استفاده از جریمه افزایش فاصله برای کنترل امتیازدهی فاصله. مقدار پیش فرض:
@($(acdprotein)؟ 0.5 : 0.5)
تولید بخش
-مختصر بولی
هویت و شباهت مختصر مقدار پیش فرض: Y
-outfile تراز
با استفاده از خدمات onworks.net از watere به صورت آنلاین استفاده کنید