این برنامه لینوکس با نام simulate_pcr است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان simulate_PCR-v1.2.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام simulate_pcr را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
simulate_pcr
Ad
شرح
ارزیابی ویژگی پرایمر و پیش‌بینی محصولات تقویتی مطلوب و غیرهدف، یک گام اساسی برای طراحی قوی سنجش PCR است. این اسکریپت آمپلیکون‌های بالقوه واکنش زنجیره‌ای پلیمراز (PCR) را در یک پایگاه‌داده توالی بزرگ مانند NCBI nt از تک‌پلکس یا مجموعه‌ای از پرایمرهای مالتی پلکس بزرگ پیش‌بینی می‌کند، که به پایه‌های پرایمر و پروب منحط، با تحمل عدم تطابق هدف و محدوده طول آمپلیکون اجازه می‌دهد که توسط کاربر. کد شبیه‌سازی آمپلیکون PCR همچنین آمپلیکون‌ها را با اطلاعات ژنی که به‌طور خودکار از NCBI دانلود می‌شود، حاشیه‌نویسی می‌کند و به‌صورت اختیاری می‌تواند پیش‌بینی کند که آیا تطابق پروب TaqMan/Luminex در آمپلیکون‌های پیش‌بینی‌شده نیز وجود دارد یا خیر. این یک اسکریپت متن باز خط فرمان Perl به نام simulate_PCR.pl است که برنامه های BLAST (Altschul, et al., 1990) را makeblastdb، blastn، و blastdbcmd و ابزار NCBI efetch را فراخوانی می کند.http://www.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi).این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/simulatepcr/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.
