این برنامه لینوکس با نام‌های AmPEP و AxPEP است که آخرین نسخه آن را می‌توان با عنوان deep-ampep30-test_set.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام های AmPEP و AxPEP را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
AmPEP و AxPEP
DESCRIPTION:
پپتیدهای ضد میکروبی (AMPs) به دلیل طیف گسترده فعالیت ها و سمیت کم، نامزدهای امیدوارکننده ای در مبارزه با پاتوژن های مقاوم به چند دارو هستند. با این حال، شناسایی AMP ها از طریق آزمایش آزمایشگاهی مرطوب هنوز گران و زمان بر است. AmPEP یک روش محاسباتی دقیق برای پیش‌بینی AMP با استفاده از الگوریتم جنگل تصادفی است. مدل پیش‌بینی مبتنی بر الگوهای توزیع خواص اسید آمینه در طول توالی است. مدل بهینه ما، AmPEP با نسبت داده 1:3 به دقت بسیار بالایی 96٪، MCC 0.9، AUC-ROC 0.99 و آمار کاپا 0.9 دست یافت. هنگام آزمایش با استفاده از مجموعه داده های معیار، AmPEP از روش های موجود با توجه به دقت، MCC و AUC-ROC بهتر عمل می کند.امکانات
- کد منبع متلب
- مجموعه داده های AmPEP
- فراگیری ماشین
- بیوانفورماتیک
- دنباله پپتید
- کشف مواد مخدر
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/axpep/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.