این برنامه لینوکس به نام EigenMS برای اجرای آنلاین در لینوکس است که آخرین نسخه آن را می توان با نام EigenMS.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام EigenMS را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت رایگان در لینوکس با OnWorks اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
EigenMS به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
DESCRIPTION:
EigenMS یک روش عادی سازی است که در R (و نسخه قدیمی تر در Matlab) پیاده سازی شده است که به عنوان مجموعه ای از دو تابع موجود است که باید در یک دنباله استفاده شوند.لطفا فایل EigenMS.zip (آخرین نسخه) را دانلود کنید.
آخرین نسخه آپلود شده در اکتبر 2017 دارای یک باگ برای عادی سازی گروه درمانی تکی است.
تغییر مقیاس از سال 2015 حذف شده است.
EigenMS از SVD برای شناسایی روندهای سوگیری در داده ها و حذف آنها استفاده می کند. EigenMS اثرات عوامل شناخته شده و ناشناخته را حذف می کند و می تواند برای هر پلتفرم -omic مورد استفاده قرار گیرد.
ما کاربرد آن را در LC-MS/MS و متابولومیک در دو مقاله زیر نشان داده ایم:
1) PMID: 19602524. "نرمال سازی شدت پیک در پروتئومیک های مبتنی بر MS از پایین به بالا با استفاده از تجزیه ارزش منفرد".
Karpievitch YV، Taverner T، Adkins JN، Callister SJ، Anderson GA، Smith RD، Dabney AR.
بیوانفورماتیک 2009
2) "نرمال سازی داده های متابولومیک با EigenMS"
Karpievitch YV، Nikolic SB، Wilson R، Sharman JE، Edwards LM.
PLoS One 2014
مخاطبان
علم/تحقیق
زبان برنامه نویسی
متلب، S/R
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/eigenms/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.