این برنامه لینوکس با نام MIPGen است که آخرین نسخه آن را می توان با نام mipgen_v15.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این اپلیکیشن با نام MIPGen را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
MIPGen
DESCRIPTION:
ژنراتور پتانسیل برهمکنش مولکولی
MIPGEN یک برنامه پایتون است که شبکه‌های پتانسیل تعامل مولکولی را محاسبه می‌کند
بیش از یک مولکول معین، که می تواند یک پروتئین یا یک ترکیب آلی کوچک (دارو) باشد.
خروجی یک سری شبکه با فرمت DX (*.dx) خواهد بود که کاربر قادر خواهد بود
برای تجسم با استفاده از هر برنامه تجسم مولکولی مانند VMD، PyMol، Chimera...
برای اطلاعات بیشتر در مورد وابستگی ها و استفاده، لطفاً مستندات را بخوانید.
کاربران می توانند هر گونه اشکال یا درخواستی را در منوی BUGS & REQUESTS پست کنند. (اکانت sourceforge مورد نیاز خواهد بود).
امکانات
- تولید MIP کاملاً خودکار با یک فایل PDB ساده.
- کد منبع باز از کاربران برای گسترش پروب ها یا بهبود کد استقبال می شود.
- محاسبه پتانسیل‌های برهمکنش مولکولی مبتنی بر شبکه بر روی پپتیدها و سایر سیستم‌های ماکرومولکولی (احتمالاً برای سیستم‌های بزرگ هنوز کند است)
- MIP را روی مولکول های کوچک محاسبه کنید
- پروب های قابل تنظیم قبلاً اجرا شده است: پروب های هیدروفوبیک، اهداکننده H-Bond، گیرنده H-Bond و پروب های الکترواستاتیک.
- تخصیص خودکار انواع اتم ها به مولکول ها و پروتئین های کوچک با رابط با Antechamber منبع باز و tLeap از بسته AmbertTools (http://ambermd.org)
مخاطبان
علم/تحقیق، کاربران نهایی پیشرفته، توسعه دهندگان، کاربران نهایی/دسکتاپ
رابط کاربری
کنسول / ترمینال
زبان برنامه نویسی
پــایتــون
محیط پایگاه داده
از SQLite
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/mipgen/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.