این برنامه لینوکس به نام PRIMUS برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین است که آخرین نسخه آن را می توان به عنوان URLtoLastestPRIMUSversion.txt دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام PRIMUS را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا به صورت آنلاین با OnWorks در لینوکس اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
PRIMUS برای اجرا در لینوکس به صورت آنلاین
DESCRIPTION:
جدید: دانلود نسخه جدید با بازسازی شجره در primus.gs.washington.eduاین نسخه قدیمی و ناقص است. لطفاً برای مشاهده نسخه کامل PRIMUS به وب سایت جدید مراجعه کنید.
ما روشی را ارائه می‌کنیم که از نظریه گراف اقتباس شده است که همیشه حداکثر مجموعه افراد نامرتبط را در هر مجموعه داده شناسایی می‌کند و اجازه می‌دهد تا پارامترهای وزن‌دهی در انتخاب نمونه نامرتبط مورد استفاده قرار گیرند. PRIMUS در تخمین‌های IBD تولید شده توسط کاربر می‌خواند و حداکثر مجموعه ممکن از افراد غیر مرتبط را با توجه به آستانه مشخصی از ارتباط، خروجی می‌دهد. همچنین ممکن است از اطلاعات اضافی برای انتخاب ترجیحی افراد استفاده شود. به عنوان مثال، هنگامی که دو مجموعه حداکثر با اندازه مساوی از افراد غیر مرتبط در یک شبکه وجود دارد، PRIMUS ترجیحاً می تواند مجموعه ای را با افراد آسیب دیده بیشتری انتخاب کند.
برای اطلاع از به روز رسانی ها و نسخه های جدید در لیست ایمیل PRIMUS-Users مشترک شوید.
نرم افزار مربوطه:
http://students.washington.edu/jeanm5/Simulate_IBD_Python.ta
امکانات
- حداکثر مجموعه افراد غیر مرتبط را از یک مجموعه داده ژنتیکی شناسایی می کند
- نمونه ها را در شبکه های خانوادگی گروه بندی می کند
- فایل‌های نقطه‌ای را برای تجسم شبکه‌های خانوادگی ایجاد می‌کند
مخاطبان
صنعت بهداشت و درمان، علم/تحقیق، آموزش
زبان برنامه نویسی
پرل
این برنامه ای است که می توان آن را از https://sourceforge.net/projects/primus-beta/ نیز دریافت کرد. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.