این برنامه لینوکس با نام rRNAFinder است که آخرین نسخه آن را می توان با عنوان rRNAFinder-v1.1.1.zip دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه با نام rRNAFinder را با OnWorks به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
rRNAFinder
DESCRIPTION:
rRNAFinder یک بسته نرم‌افزاری کوچک پرل است که می‌تواند برای پیش‌بینی و طبقه‌بندی خودکار ژن‌های RNA ریبوزوم با استفاده از کانتیگ‌های ژنوم/متاژنوم مونتاژ شده به عنوان ورودی استفاده شود. این نرم افزار فقط بر روی سیستم عامل لینوکس تست شده است.
برنامه "rRNAFinder.pl" موجود در بسته از جستجوی برنامه nhmmer در برابر پایگاه های داده arc.hmm، bac.hmm و euk.hmm برای شناسایی ژن های rRNA از contigs ورودی استفاده می کند. ژن‌های rRNA پیش‌نویس شامل ژن‌های 16S، 18S، 23S، 28S، 5S و 5.8S rRNA هستند.
برنامه "rna2taxon.pl" توالی های ژن rRNA با فرمت fasta تولید شده در بالا را به عنوان ورودی برای تولید انتساب های طبقه بندی برای ژن های ورودی می پذیرد. توالی‌های ژن ورودی rRNA در پایگاه‌های داده‌های SILVA SSU و LSU دانلود شده و فرمت‌شده با استفاده از blastn جستجو می‌شوند.
لطفاً به فایل README.md از مخزن rRNAFinder GitHub واقع در https://github.com/xiaoli-dong/rRNAFinder برای دستورالعمل های پیکربندی و اجرای rRNAFinder
امکانات
- پیش بینی ژن های rRNA (ژن های rRNA 5s، 5.8s، 16s، 18s، 23s، 28s)
- تخصیص تاکسونومیک ژن های rRNA پیش بینی شده با استفاده از جستجوی blastn در برابر پایگاه های داده SILVA SSU و LSU
- سریع و می تواند از چندین رشته CPU استفاده کند
مخاطبان
علم/تحقیق
رابط کاربری
خط فرمان
دسته بندی ها
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/rrnafinder/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.