این برنامه لینوکس به نام SmithWaterman برای اجرای آنلاین در لینوکس است که آخرین نسخه آن را می توان با نام smith_waterman-0.2.3.tar.gz دانلود کرد. می توان آن را به صورت آنلاین در ارائه دهنده میزبانی رایگان OnWorks برای ایستگاه های کاری اجرا کرد.
این برنامه به نام SmithWaterman را به صورت آنلاین دانلود و اجرا کنید تا در لینوکس بصورت آنلاین با OnWorks به صورت رایگان اجرا شود.
برای اجرای این برنامه این دستورالعمل ها را دنبال کنید:
- 1. این برنامه را در رایانه شخصی خود دانلود کنید.
- 2. در فایل منیجر ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX نام کاربری مورد نظر خود را وارد کنید.
- 3. این برنامه را در چنین فایل منیجر آپلود کنید.
- 4. OnWorks Linux آنلاین یا شبیه ساز آنلاین ویندوز یا شبیه ساز آنلاین MACOS را از این وب سایت راه اندازی کنید.
- 5. از سیستم عامل لینوکس OnWorks که به تازگی راه اندازی کرده اید، به مدیر فایل ما https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX با نام کاربری که می خواهید بروید.
- 6. اپلیکیشن را دانلود کرده، نصب و اجرا کنید.
اسکرین شات ها:
SmithWaterman به صورت آنلاین در لینوکس اجرا می شود
DESCRIPTION:
به GITHUB منتقل شد: https://github.com/noporpoise/seq-alignاجرای الگوریتم هم ترازی توالی محلی اسمیت- واترمن.
تراز جهانی پروژه خواهر ما را با استفاده از Needleman-Wunsch ببینید:
http://sourceforge.net/projects/needlemanwunsch/
امکانات
- پنالتی های فاصله افینی
- خروجی رنگی
- فایل های FASTA، FASTQ و توالی ساده (از جمله فایل های gzip'ed) را می خواند.
- ماتریس های از پیش تعیین شده جایگزینی DNA/پروتئین (PAM/BLOSUM و غیره)
- می تواند ماتریس های تعویض پنالتی را بارگیری کند
- کد سی قابل حمل که می تواند در سایر پروژه های بیوانفورماتیک استفاده شود
مخاطبان
علم/تحقیق، آموزش
رابط کاربری
کنسول/ترمینال، خط فرمان
زبان برنامه نویسی
C++، C
این برنامه ای است که می تواند از https://sourceforge.net/projects/smithwaterman/ نیز دریافت شود. در OnWorks میزبانی شده است تا به آسانی از یکی از سیستم عامل های رایگان ما به صورت آنلاین اجرا شود.