Il s'agit de la commande domainnre qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
domainnr - Supprime les domaines redondants d'un fichier DCF.
SYNOPSIS
nom de domaine -dcfinfile dans le fichier [-fichier de données matricef] -conserver basculer -nœud liste -mode liste
-seuil flotter -seuil flotter -coup de poing flotter [-gapopen flotter]
[-gapeétendre flotter] -dcfoutfile fichier de sortie -fichierredout fichier de sortie -fichier journal fichier de sortie
nom de domaine -Aide
DESCRIPTION
nom de domaine est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Utils:Création de la base de données".
OPTIONS
Entrée
-dcfinfile dans le fichier
Cette option spécifie le nom du fichier DCF (fichier de classification de domaine) (entrée). Un domaine
fichier de classification' contient la classification et d'autres données pour les domaines de SCOP ou
CATH, au format DCF (de type EMBL). Les fichiers sont générés en utilisant SCOPPARSE et
CATHPARSE. Les informations de séquence de domaine peuvent être ajoutées au fichier à l'aide de DOMAINSEQS.
-fichier de données matricef
Cette option spécifie la matrice de substitution des résidus. Ceci est utilisé pour la séquence
Comparaison. Valeur par défaut : EBLOSUM62
-conserver basculer
Cette option spécifie s'il faut écrire les domaines redondants dans un fichier séparé. Si ce
est sélectionnée, les domaines redondants sont écrits dans un fichier de sortie séparé. Défaut
valeur : N
Requis
-nœud liste
Cette option spécifie le nœud pour la suppression de la redondance. La redondance peut être supprimée à
tout nœud spécifié dans les hiérarchies SCOP ou CATH. Par exemple en sélectionnant 'Classe'
les inscriptions appartenant à la même classe ne seront pas redondantes. Valeur par défaut : 1
-mode liste
Cette option spécifie s'il faut supprimer la redondance à un seul seuil % séquence
similitude ou supprimer la redondance en dehors d'une plage de seuil de similarité acceptable.
Toutes les permutations des alignements de séquences par paires sont calculées pour chaque domaine
famille à son tour en utilisant l'implémentation EMBOSS de Needleman et Wunsch global
algorithme d'alignement. Les séquences redondantes sont supprimées dans l'un des deux modes suivants :
(i) Si une paire de protéines atteint une séquence de pourcentage supérieure à un seuil
similarité (spécifiée par l'utilisateur) la séquence la plus courte est rejetée. (ii) Si une paire
des protéines ont un pourcentage de similarité de séquence qui se situe en dehors d'un
plage (spécifiée par l'utilisateur) la séquence la plus courte est rejetée. Valeur par défaut : 1
-seuil flotter
Cette option spécifie le seuil de redondance d'identité de séquence %, qui détermine
le calcul de redondance. Si une paire de protéines atteint plus que ce seuil
la séquence la plus courte est rejetée. Valeur par défaut : 95.0
-seuil flotter
Cette option spécifie le seuil de redondance d'identité de séquence %, qui détermine
le calcul de redondance. Si une paire de protéines a une séquence en pourcentage
similitude qui se situe en dehors d'une plage acceptable, la séquence la plus courte est rejetée.
Valeur par défaut : 30.0
-coup de poing flotter
Cette option spécifie le seuil de redondance d'identité de séquence %, qui détermine
le calcul de redondance. Si une paire de protéines a une séquence en pourcentage
similitude qui se situe en dehors d'une plage acceptable, la séquence la plus courte est rejetée.
Valeur par défaut : 90.0
Supplémentaire
-gapopen flotter
Cette option spécifie la pénalité d'insertion d'espace. C'est le score retiré lorsqu'un
un écart est créé. La meilleure valeur dépend du choix de la matrice de comparaison. Le défaut
la valeur suppose que vous utilisez la matrice EBLOSUM62 pour les séquences de protéines, et le
Matrice EDNAFULL pour les séquences nucléotidiques. Valeur par défaut : 10
-gapeétendre flotter
Cette option spécifie la pénalité d'extension d'espace. Ceci est ajouté à l'écart standard
pénalité pour chaque base ou résidu dans l'écart. C'est la durée pendant laquelle les écarts sont pénalisés.
Habituellement, vous vous attendez à quelques intervalles longs plutôt qu'à de nombreux intervalles courts, de sorte que l'intervalle
la pénalité d'extension doit être inférieure à la pénalité d'écart. Valeur par défaut : 0.5
Avancé
Sortie
-dcfoutfile fichier de sortie
Cette option spécifie le nom du fichier DCF non redondant (fichier de classification de domaine)
(sortir). Un « fichier de classification de domaine » contient la classification et d'autres données pour
domaines de SCOP ou CATH, au format DCF (type EMBL). Les fichiers sont générés en utilisant
SCOPPARSE et CATHPARSE. Les informations de séquence de domaine peuvent être ajoutées au fichier en utilisant
DOMAINSEQS. Valeur par défaut : test.scop
-fichierredout fichier de sortie
Cette option spécifie le nom du fichier DCF (fichier de classification de domaine) pour les fichiers redondants
séquences (sortie). Un « fichier de classification de domaine » contient la classification et d'autres
données pour les domaines de SCOP ou CATH, au format DCF (type EMBL). Les fichiers sont générés
en utilisant SCOPPARSE et CATHPARSE. Les informations de séquence de domaine peuvent être ajoutées au fichier
en utilisant DOMAINSEQS.
-fichier journal fichier de sortie
Cette option spécifie le nom du fichier journal pour la construction. Le fichier journal contient
messages sur les erreurs survenues lors de l'exécution de domainnr. Valeur par défaut : domainnr.log
Utiliser domainnre en ligne en utilisant les services onworks.net