Il s'agit de la commande gmx-densorder qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-densorder - Calculer les fluctuations de surface
SYNOPSIS
ordre de densité gmx [-s [<.tpr>]] [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.dat>]] [Ou [<.out> [...]]] [cabot [<.xpm> [...]]]
[-Spectacle [<.out> [...]]] [-b ] [-e ]
[-DT ] [-[maintenant] [-[non]1d] [-pc ]
[-bwn ] [-ordre ] [-axe ]
[-méthode ] [-d1 ] [-d2 ]
[-tbloc ] [-Niveau ]
DESCRIPTION
gmx ordre densitaire réduit une distribution de densité à deux phases le long d'un axe, calculée sur un MD
trajectoire, à des surfaces 2D fluctuant dans le temps, par un ajustement à un profil fonctionnel pour
densités interfaciales. Une représentation spatiale moyenne dans le temps des interfaces peut être
sortie avec l'option -tavg.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-n [<.ndx>] (index.ndx)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.dat>] (Density4D.dat) (Facultatif)
Fichier de données générique
Ou [<.out> [...]] (bonjour.dehors) (Facultatif)
Fichier de sortie générique
cabot [<.xpm> [...]] (interface.xpm) (Facultatif)
Fichier de matrice compatible X PixMap
-Spectacle [<.out> [...]] (inspecter.out) (Facultatif)
Fichier de sortie générique
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-[maintenant (non)
Afficher la sortie .xvg, .xpm, .eps et de .pdb fichiers
-[non]1d (non)
Géométrie d'interface pseudo-1d
-pc (0.2)
Binwidth de distribution de densité tangentielle à l'interface
-bwn (0.05)
Binwidth de distribution de densité normale à l'interface
-ordre (0)
Ordre du filtre gaussien, l'ordre 0 équivaut à AUCUN filtrage
-axe (Z)
Direction de l'axe - X, Y ou Z
-méthode (couper en deux)
Méthode de localisation de l'interface : bissectrice, fonctionnelle
-d1 (0)
Densité apparente phase 1 (à petit z)
-d2 (1000)
Densité apparente phase 2 (au grand z)
-tbloc (100)
Moyenne du nombre d'images dans un bloc de temps
-Niveau (100)
Nombre de niveaux de hauteur en 2D - XPixMaps
Utilisez gmx-densorder en ligne en utilisant les services onworks.net