Il s'agit de la commande gmx-trjorder qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos nombreux postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
gmx-trjorder - Ordonner les molécules en fonction de leur distance à un groupe
SYNOPSIS
gmx trjorder [-f [<.xtc/.trr/...>]] [-s [<.tpr/.gro/...>]] [-n [<.ndx>]]
[-o [<.xtc/.trr/...>]] [-nshell [<.xvg>]] [-b ]
[-e ] [-DT ] [-xvg ] [établi ]
[-Dans ] [-[pas de commentaires] [-r ] [-[non]z]
DESCRIPTION
gmx trjorder ordonne les molécules en fonction de la plus petite distance aux atomes dans une référence
groupe ou sur coordonnée z (avec option -z). Avec la commande à distance, il demandera un
un groupe d'atomes de référence et un groupe de molécules. Pour chaque image de la trajectoire,
les molécules sélectionnées seront réorganisées en fonction de la distance la plus courte entre les atomes
nombre -Dans dans la molécule et tous les atomes du groupe de référence. Le centre de masse de
les molécules peuvent être utilisées à la place d'un atome de référence en définissant -Dans à 0. Tous les atomes dans
les trajectoires sont écrites dans la trajectoire de sortie.
gmx trjorder peut être utile, par exemple, pour analyser les n eaux les plus proches d'une protéine.
dans ce cas, le groupe de référence serait la protéine et le groupe de molécules serait constitué de
tous les atomes d'eau. Lorsqu'un groupe d'indice des n premières eaux est formé, l'ordre
la trajectoire peut être utilisée avec n'importe quel programme GROMACS pour analyser les n eaux les plus proches.
Si le fichier de sortie est un .pdb fichier, la distance à la cible de référence sera stockée dans
le champ du facteur B afin de colorer avec par exemple Rasmol.
Avec l'option -nshell le nombre de molécules dans une couche de rayon -r autour de la
les groupes de référence sont imprimés.
OPTIONS
Options pour spécifier les fichiers d'entrée :
-f [<.xtc/.trr/...>] (traj.xtc)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng
-s [<.tpr/.gro/...>] (topol.tpr)
Structure+masse(db) : tpr gro g96 pdb freiner
-n [<.ndx>] (index.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index
Options pour spécifier les fichiers de sortie :
-o [<.xtc/.trr/...>] (commandé.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr gro g96 pdb tng
-nshell [<.xvg>] (nshell.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr
D'autres options:
-b (0)
Première image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-e (0)
Dernière image (ps) à lire à partir de la trajectoire
-DT (0)
N'utilisez la trame que lorsque t MOD dt = première fois (ps)
-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun
établi (3)
Nombre d'atomes dans une molécule
-Dans (1)
Atome utilisé pour le calcul de la distance, 0 est COM
-[pas de commentaires (non)
Utiliser la distance au centre de masse du groupe de référence
-r (0)
Seuil de coupure utilisé pour le calcul de la distance lors du calcul du nombre de molécules dans
une coquille autour par exemple d'une protéine
-[non]z (non)
Ordonner les molécules sur la coordonnée z
Utilisez gmx-trjorder en ligne avec les services onworks.net