gmx-tune_pme - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

gmx-tune_pme - Durée d'exécution mdrun en fonction des rangs PME pour optimiser les paramètres

SYNOPSIS

gmx tune_pme [-s [<.tpr>]] [-cpi [<.cpt>]] [-table [<.xvg>]]
[-tablette [<.xvg>]] [-table [<.xvg>]]
[-tableb [<.xvg>]] [-rediffusion [<.xtc/.trr/...>]]
[-Oeuf [<.edi>]] [-p [<.out>]] [-se tromper [<.log>]]
[-donc [<.tpr>]] [-o [<.trr/.cpt/...>]] [-x [<.xtc/.tng>]]
[-cpo [<.cpt>]] [-c [<.gro/.g96/...>]] [-e [<.edr>]]
[-g [<.log>]] [-dhdl [<.xvg>]] [-champ [<.xvg>]]
[-tpi [<.xvg>]] [-tpid [<.xvg>]] [-eo [<.xvg>]]
[-pieux [<.xvg>]] [-runav [<.xvg>]] [-px [<.xvg>]]
[-pf [<.xvg>]] [-ro [<.xvg>]] [-dehors [<.log>]]
[-rs [<.log>]] [-rt [<.log>]] [-mtx [<.mtx>]]
[-dn [<.ndx>]] [-échanger [<.xvg>]] [-bo [<.trr/.cpt/...>]]
[-bx [<.xtc>]] [-bcpo [<.cpt>]] [-avant JC [<.gro/.g96/...>]]
[-être [<.edr>]] [-bg [<.log>]] [-béo [<.xvg>]]
[-bdhdl [<.xvg>]] [-bfield [<.xvg>]] [-btpi [<.xvg>]]
[-btpid [<.xvg>]] [-bdevout [<.xvg>]] [-brunav [<.xvg>]]
[-bpx [<.xvg>]] [-bpf [<.xvg>]] [-frère [<.xvg>]]
[-soutien-gorge [<.log>]] [-brs [<.log>]] [-brt [<.log>]]
[-bmtx [<.mtx>]] [-bdn [<.ndx>]] [-bswap [<.xvg>]]
[-xvg ] [-mdrun ] [-np ]
[-npstring ] [-ntmpi ] [-r ]
[-max ] [-min ] [-npme ] [-réparer ]
[-rmax ] [-rmin ] [-[no]scalevdw]
[-ntpr ] [-pas ] [-resetstep ]
[-nétapes ] [-[pas] de lancement] [-[pas]de banc] [-[non]vérifier]
[-gpu_id ] [-[non]ajouter] [-[non]cpnum]
[-defnm ]

DESCRIPTION

Pour un nombre donné -np or -ntmpi des rangs, gmx tune_pme systématiquement fois gmx mdrun
avec différents nombres de rangs réservés aux PME et détermine quel paramètre est le plus rapide.
tester également si les performances peuvent être améliorées en déplaçant la charge de l'inverse vers l'inverse
partie de l'espace réel de la somme d'Ewald. Passez simplement votre .tpr déposer à gmx tune_pme together
avec d'autres options pour gmx mdrun comme requis.

gmx tune_pme doit appeler gmx mdrun et nécessite donc que vous spécifiiez comment appeler mdrun
avec l'argument de la -mdrun paramètre. Selon la façon dont vous avez construit GROMACS, les valeurs
tels que « gmx mdrun », « gmx_d mdrun » ou « mdrun_mpi » peuvent être nécessaires.

Le programme qui exécute les programmes MPI peut être défini dans la variable d'environnement MPIRUN (valeurs par défaut)
(à « mpirun »). Notez que pour certains frameworks MPI, vous devez fournir une machine ou
fichier hôte. Ceci peut également être transmis via la variable MPIRUN, par exemple

Exporter MPIRUN="/usr/local/mpirun -fichiermachine hôtes" Notez que dans de tels cas, il est
normalement nécessaire pour compiler et/ou exécuter gmx tune_pme sans support MPI, afin qu'il puisse
appeler le programme MPIRUN.

Avant de réaliser les tests de référence réels, gmx tune_pme je ferai une vérification rapide si gmx
mdrun fonctionne comme prévu avec les paramètres parallèles fournis si le -vérifier option est
activé (par défaut). Veuillez appeler gmx tune_pme avec les options normales, vous passeriez
à gmx mdrun et ajouter -np pour le nombre de rangs sur lesquels effectuer les tests, ou -ntmpi pour
le nombre de threads. Vous pouvez également ajouter -r répéter chaque test plusieurs fois pour s'améliorer
statistiques.

gmx tune_pme peut tester pour vous diverses charges de travail en espace réel/espace réciproque. -ntpr
vous contrôlez combien de suppléments .tpr les fichiers seront écrits avec des coupures agrandies et plus petites
Grilles de Fourier respectivement. Généralement, le premier test (numéro 0) sera effectué avec
paramètres de l'entrée .tpr fichier; le dernier test (numéro ntpr) aura le Coulomb
coupure spécifiée par -rmax avec une grille PME un peu plus petite en même temps. Dans ce dernier
test, l'espacement de Fourier est multiplié par Rmax/rcoulomb. Le reste .tpr les fichiers seront
ont des rayons de Coulomb (et des espacements de Fourier) également espacés entre ces extrêmes. Note qui
vous pouvez définir -ntpr à 1 si vous recherchez simplement le nombre optimal de rangs réservés aux PME ; dans ce cas
votre contribution .tpr le fichier restera inchangé.

Pour les tests de référence, la valeur par défaut de 1000 XNUMX pas de temps devrait suffire pour la plupart des systèmes MD.
L'équilibrage de charge dynamique nécessite environ 100 pas de temps pour s'adapter aux déséquilibres de charge locaux,
Par conséquent, les compteurs de pas de temps sont réinitialisés par défaut après 100 pas. Pour les grands systèmes
(>1M atomes), ainsi que pour une plus grande précision des mesures, vous devez définir
-resetstep à une valeur supérieure. À partir des entrées de déséquilibre de charge « DD » dans la sortie md.log
Ce fichier permet de déterminer après combien d'étapes la charge est suffisamment équilibrée. Exemple d'appel :

gmx tune_pme -np 64 -s protéine.tpr -lancement

Après avoir appelé gmx mdrun plusieurs fois, des informations détaillées sur les performances sont disponibles dans
le fichier de sortie perf.out. Note que pendant les tests de performance, quelques fichiers temporaires
sont écrits (options -b*), ceux-ci seront automatiquement supprimés après chaque test.

Si vous souhaitez que la simulation démarre automatiquement avec les paramètres optimisés, utilisez
l'option de ligne de commande -lancement.

Prise en charge de base pour les GPU activés mdrun existe. Indiquez une chaîne contenant les identifiants des GPU.
que vous souhaitez utiliser dans l'optimisation dans le -gpu_id argument de ligne de commande. Contrairement à
mdrun -gpu_id, cela n'implique pas un mappage mais simplement l'ensemble éligible. g_tune_pme vont
construire des appels à mdrun qui utilisent cet ensemble de manière appropriée, en supposant que PP se classe avec un faible
les indices doivent être mappés aux GPU avec des indices faibles et augmenter tous deux de manière monotone au cours de la
ensembles respectifs.

OPTIONS

Options pour spécifier les fichiers d'entrée :

-s [<.tpr>] (topol.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-cpi [<.cpt>] (état.cpt) (Facultatif)
Fichier de point de contrôle

-table [<.xvg>] (tableau.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tablette [<.xvg>] (tablettef.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-table [<.xvg>] (tablep.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tableb [<.xvg>] (tableau.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-rediffusion [<.xtc/.trr/...>] (réexécuter.xtc) (Facultatif)
Trajectoire: xtc trr cpt gro g96 pdb tng

-Oeuf [<.edi>] (sam.edi) (Facultatif)
Entrée d'échantillonnage ED

Options pour spécifier les fichiers de sortie :

-p [<.out>] (perf.out)
Fichier de sortie générique

-se tromper [<.log>] (bencherr.log)
Fichier journal

-donc [<.tpr>] (à l'écoute.tpr)
Fichier d'entrée d'exécution portable xdr

-o [<.trr/.cpt/...>] (traj.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-x [<.xtc/.tng>] (traj_comp.xtc) (Facultatif)
Trajectoire compressée (format tng ou format xdr portable)

-cpo [<.cpt>] (état.cpt) (Facultatif)
Fichier de point de contrôle

-c [<.gro/.g96/...>] (confout.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp

-e [<.edr>] (ener.edr)
Dossier énergie

-g [<.log>] (md.log)
Fichier journal

-dhdl [<.xvg>] (dhdl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-champ [<.xvg>] (champ.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tpi [<.xvg>] (tpi.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-tpid [<.xvg>] (tpidist.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-eo [<.xvg>] (edsam.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pieux [<.xvg>] (deviatie.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-runav [<.xvg>] (runaver.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-px [<.xvg>] (pullx.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-pf [<.xvg>] (pulf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-ro [<.xvg>] (rotation.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-dehors [<.log>] (rotangles.log) (Facultatif)
Fichier journal

-rs [<.log>] (rotslabs.log) (Facultatif)
Fichier journal

-rt [<.log>] (rottorque.log) (Facultatif)
Fichier journal

-mtx [<.mtx>] (nm.mtx) (Facultatif)
matrice de Hesse

-dn [<.ndx>] (dipôle.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-échanger [<.xvg>] (swapions.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bo [<.trr/.cpt/...>] (bench.trr)
Trajectoire de précision complète : trr cpt tng

-bx [<.xtc>] (bench.xtc)
Trajectoire compressée (format xdr portable) : xtc

-bcpo [<.cpt>] (bench.cpt)
Fichier de point de contrôle

-avant JC [<.gro/.g96/...>] (bench.gro)
Fichier de structure : gro g96 pdb brk ent esp

-être [<.edr>] (bench.edr)
Dossier énergie

-bg [<.log>] (bench.log)
Fichier journal

-béo [<.xvg>] (benchedo.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bdhdl [<.xvg>] (benchdhdl.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bfield [<.xvg>] (benchfld.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-btpi [<.xvg>] (benchtpi.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-btpid [<.xvg>] (benchtpid.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bdevout [<.xvg>] (benchdev.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-brunav [<.xvg>] (benchrnav.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bpx [<.xvg>] (benchpx.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-bpf [<.xvg>] (benchpf.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-frère [<.xvg>] (benchrot.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

-soutien-gorge [<.log>] (benchrota.log) (Facultatif)
Fichier journal

-brs [<.log>] (benchrots.log) (Facultatif)
Fichier journal

-brt [<.log>] (benchrott.log) (Facultatif)
Fichier journal

-bmtx [<.mtx>] (benchn.mtx) (Facultatif)
matrice de Hesse

-bdn [<.ndx>] (bench.ndx) (Facultatif)
Fichier d'index

-bswap [<.xvg>] (benchswp.xvg) (Facultatif)
fichier xvgr/xmgr

D'autres options:

-xvg
formatage du tracé xvg : xmgrace, xmgr, aucun

-mdrun
Ligne de commande pour exécuter une simulation, par exemple « gmx mdrun » ou « mdrun_mpi »

-np (1)
Nombre de rangs sur lesquels exécuter les tests (doit être > 2 pour des rangs PME distincts)

-npstring (np)
Nom du $MPIRUN option qui spécifie le nombre de rangs à utiliser ('np' ou 'n' ;
utilisez « none » s'il n'y a pas une telle option) : np, n, none

-ntmpi (1)
Nombre de threads MPI sur lesquels exécuter les tests (désactive MPI et mpirun)

-r (2)
Répétez chaque test aussi souvent

-max (0.5)
Fraction maximale des rangs PME à tester

-min (0.25)
Fraction minimale des rangs PME à tester

-npme (auto)
Dans les limites -min et -max, comparez toutes les valeurs possibles pour -npme, ou juste un raisonnable
sous-ensemble. Auto néglige -min et -max et choisit des valeurs raisonnables autour d'une estimation
pour npme dérivé du .tpr : auto, all, subset

-réparer (-2)
Si >= -1, ne faites pas varier le nombre de rangs PME uniquement, utilisez plutôt cette valeur fixe
et ne font varier que le rcoulomb et l'espacement de la grille PME.

-rmax (0)
Si >0, rcoulomb maximal pour -ntpr>1 (la mise à l'échelle de rcoulomb donne une grille de Fourier
réduction d'échelle)

-rmin (0)
Si >0, rcoulomb minimal pour -ntpr>1

-[no]scalevdw (Oui)
Échelle rvdw avec rcoulomb

-ntpr (0)
nombre de .tpr Fichiers à comparer. Créez autant de fichiers avec différents rcoulombs
facteurs d'échelle dépendant de -rmin et -rmax. Si < 1, choisir automatiquement
nombre de .tpr fichiers à tester

-pas (1000)
Prenez les temps pour autant d'étapes dans les courses de référence

-resetstep (100)
Laissez dlb équilibrer ce nombre d'étapes avant que les temps ne soient pris (réinitialiser les compteurs de cycles
après autant d'étapes)

-nétapes (-1)
Si non négatif, effectuez autant d'étapes dans l'exécution réelle (écrase nsteps de
.tpr, ajouter .cpt pas)

-[pas] de lancement (non)
Lancer la simulation réelle après optimisation

-[pas]de banc (Oui)
Exécutez les tests de performance ou créez simplement l'entrée .tpr fichiers?

-[non]vérifier (Oui)
Avant l'exécution du benchmark, vérifiez si mdrun fonctionne en parallèle

-gpu_id
Liste des identifiants de périphériques GPU éligibles à l'utilisation (contrairement à mdrun, n'implique aucun
cartographie)

-[non]ajouter (Oui)
Ajouter aux fichiers de sortie précédents lors de la poursuite du point de contrôle au lieu d'ajouter
le numéro de pièce de simulation pour tous les noms de fichiers (pour le lancement uniquement)

-[non]cpnum (non)
Conserver et numéroter les fichiers de point de contrôle (lancement uniquement)

-defnm
Définir les noms de fichiers par défaut (lancement uniquement)

Utilisez gmx-tune_pme en ligne à l'aide des services onworks.net