Il s'agit de la commande hmm2emit qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
hmm2emit - générer des séquences à partir d'un profil HMM
SYNOPSIS
hmm2émettre [choix] fichier hmm
DESCRIPTION
hmm2émettre lit un fichier HMM à partir de fichier hmm contenant un ou plusieurs HMM, et génère un
nombre de séquences de chaque HMM ; ou, si le -c l'option est sélectionnée, générer un seul
consensus de la règle de la majorité. Cela peut être utile pour diverses applications dans lesquelles on a besoin d'un
simulation de séquences cohérentes avec un consensus de famille de séquences.
Par défaut, hmm2émettre génère 10 séquences et les sort au format FASTA (non aligné).
OPTIONS
-a Ecrivez les séquences générées dans un format aligné (SELEX) plutôt que FASTA.
-c Prédire une seule séquence consensus de règle majoritaire au lieu de séquences d'échantillonnage
à partir de la distribution de probabilité du HMM. Résidus hautement conservés (p >= 0.9 pour
ADN, p >= 0.5 pour la protéine) sont indiqués en majuscules ; d'autres sont affichés en minuscules.
Certains États d'insertion peuvent faire partie du consensus de la règle de la majorité, car ils sont
utilisé dans >= 50 % des séquences générées ; lorsque cela se produit, les résidus générés par les inserts
sont simplement affichés comme "x".
-h Imprimer une brève aide ; inclut le numéro de version et un résumé de toutes les options, y compris
options d'experts.
-n Générer séquences. La valeur par défaut est 10.
-o Enregistrer les séquences synthétiques dans un fichier plutôt que de les écrire sur stdout.
-q Calmer; supprimer toutes les sorties à l'exception des séquences elles-mêmes. Utile pour la tuyauterie
ou diriger la sortie.
EXPERT OPTIONS
--la graine
Réglez la graine aléatoire sur , De est un entier positif. La valeur par défaut est d'utiliser
temps() pour générer une graine différente pour chaque exécution, ce qui signifie que deux
courses de hmm2émettre sur le même HMM donnera des résultats légèrement différents. Vous pouvez utiliser
cette option pour générer des résultats reproductibles.
Utilisez hmm2emit en ligne en utilisant les services onworks.net