Il s'agit de la commande kmc qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
kmc - compter les kmers dans les séquences génomiques
DESCRIPTION
KMC—K-mer Counter est un utilitaire conçu pour compter les k-mers (séquences de k consécutifs
symboles) dans un ensemble de lectures de projets de séquençage du génome.
SYNOPSIS
kmc [options]
kmc [options] <@input_file_names>
OPTIONS
-v - mode verbeux (affiche tous les réglages de paramètres); par défaut : faux
-k- longueur k-mer (k de 1 à 256 ; par défaut : 25)
-m- quantité maximale de RAM en Go (de 1 à 1024); par défaut : 12
-sm - utiliser le mode mémoire strict (limite de mémoire de -mcommutateur ne sera pas dépassé)
-p- longueur de signature (5, 6, 7, 8); par défaut : 7
-f- saisie au format FASTA (-FA), format FASTQ (-fq) ou plusieurs FASTA (-fm); défaut:
FASTQ
-q[valeur] - utiliser le comptage compatible de Quake avec [value] représentant la qualité la plus basse
(par défaut : 33)
-Là- exclure les k-mers se produisant moins de fois (par défaut : 2)
-cs- valeur maximale d'un compteur (par défaut : 255)
-cx- exclure les k-mers survenant plus de fois (par défaut : 1e9)
-b - désactiver la transformation des k-mers en forme canonique
-r - activer le mode RAM uniquement
-n- nombre de bacs
-t- nombre total de threads (par défaut : nombre de cœurs de processeur)
-sf- nombre de fils de lecture FASTQ
-sp- nombre de fils de séparation
-sr- nombre de fils de tri
-donc- nombre de threads par trieur simple
EXEMPLES
kmc -k27 -m24 NA19238.fastq NA.res \data\kmc_tmp_dir
kmc -k27 -q -m24 @files.lst NA.res \data\kmc_tmp_dir
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