mhap - En ligne dans le Cloud

PROGRAMME:

Nom

mhap - chevauchement de séquences probabilistes

DESCRIPTION

Veuillez définir le -s au sein de l’ -p option. Voir les options ci-dessous : MHAP : MinHash Alignment Protocol.
Un outil pour trouver des chevauchements de séquences de lecture longue (telles que PacBio ou Nanopore) dans
bioinformatique.

Version : 1.6, Build time : 09/12/2015 11:46 PM Usage 1 (exécution directe) : java
-serveur -Xmx -pot -s[-q
fichier>] [-f ] Usage 2 (générer précalculé
binaires): java -serveur -Xmx -pot -p
-q [-F ]

--alignement, par défaut = faux
Option expérimentale.

--alignement-décalage, par défaut = -0.535
Le décalage pour tenir compte de la variance dans le score de correspondance d'alignement.

--alignement-score, par défaut = 1.0E-6
Le score de coupure pour les correspondances d'alignement.

--filter-seuil, par défaut = 1.0E-5
[double], la coupure à laquelle le k-mer dans le fichier de filtre k-mer est considéré
répétitif. Cette valeur pour un k-mer spécifique est spécifiée dans la deuxième colonne de
le fichier filtre. Si aucun fichier de filtre n'est fourni, cette option est ignorée.

--Aidez-moi, par défaut = faux
Affiche le menu d'aide.

--max-décalage, par défaut = 0.2
[double], taille de la région à gauche et à droite du chevauchement estimé, tel que dérivé
à partir du décalage médian et de la longueur de séquence, où les correspondances k-mer sont toujours
considéré comme valide. Filtre de deuxième étage uniquement.

--min-store-length, par défaut = 0
[int], La longueur minimale de la lecture qui est stockée dans la boîte. Utilisé pour filtrer
courtes lectures du fichier FASTA.

--nanopore-rapide, par défaut = faux
Réglez tous les paramètres pour les réglages rapides Nanopore. C'est le meilleur du moment
conseils et peut changer à tout moment sans avertissement.

--non-soi, par défaut = faux
Ne calculez pas les chevauchements entre les séquences à l'intérieur d'une boîte. Doit être utilisé lorsque le
les séquences aller et retour proviennent de fichiers différents.

--num-hachages, par défaut = 512
[int], nombre de min-mers à utiliser dans MinHashing.

--num-min-correspondances, par défaut = 3
[int], minimum # min-mer qui doit être partagé avant de calculer le filtre de deuxième étape.
Toutes les séquences inférieures à cette valeur sont considérées comme ne se chevauchant pas.

--num-threads, par défaut = 12
[int], nombre de threads à utiliser pour le calcul. Généralement défini sur 2 x #cores.

--pacbio-rapide, par défaut = faux
Réglez tous les paramètres pour le réglage rapide PacBio. C'est le meilleur du moment
conseils et peut changer à tout moment sans avertissement.

--pacbio-sensible, par défaut = faux
Définissez tous les paramètres pour les paramètres sensibles de PacBio. C'est le meilleur du moment
conseils et peut changer à tout moment sans avertissement.

--store-full-id, par défaut = faux
Stockez les identifiants complets tels qu'ils apparaissent dans le fichier FASTA, plutôt que de stocker uniquement la séquence
position dans le fichier. Certains fichiers FASTA ont un IDS long, ce qui ralentit la sortie des résultats.
Cette option est ignorée lors de l'utilisation du format de fichier compressé.

--seuil, par défaut = 0.04
[double], la valeur seuil du score de similarité pour le tri-fusion de la deuxième étape
filtre. Ceci est basé sur le nombre moyen de k-mers correspondants dans le chevauchement
région.

--version, par défaut = faux
Affiche la version et l'heure de compilation.

--pondéré, par défaut = faux
Effectuez un MinHashing pondéré.

-f, par défaut = ""
Fichier de filtre k-mer utilisé pour filtrer les k-mers hautement répétitifs. Doit être trié
par ordre décroissant de fréquence (deuxième colonne).

-h, par défaut = faux
Affiche le menu d'aide.

-k, par défaut = 16
[int], taille k-mer utilisée pour MinHashing. La taille k-mer pour le filtre du deuxième étage est
séparé et ne peut pas être modifié.

-p, par défaut = ""
Utilisation 2 uniquement. Le répertoire contenant les fichiers FASTA qui doivent être convertis en
format binaire pour le stockage.

-q, par défaut = ""
Usage 1 : Le fichier de lectures FASTA, ou un répertoire de fichiers, qui sera comparé à
l'ensemble des lectures dans la boîte (voir -s). Utilisation 2 : Le répertoire de sortie du binaire
fichiers dat formatés.

-s, par défaut = ""
Utilisation 1 uniquement. Le fichier FASTA ou dat binaire (voir Usage 2) des lectures qui seront
stocké dans une boîte, et auquel toutes les lectures ultérieures seront comparées.

Utiliser mhap en ligne à l'aide des services onworks.net