Il s'agit de la commande ntthal qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
ntthal - Fournit la fonctionnalité d'alignement de Primer3 basée sur le plus proche voisin
approche thermodynamique
DESCRIPTION
ntthal est analogue à ntdpal. Entre deux séquences, ntthal trouve l'alignement/sec
structure, qui a la température de fusion la plus élevée. Ntthal est basé sur le plus proche voisin
approche thermodynamique.
SYNOPSIS
ntthal OPTIONS oligo
OPTIONS
-mv monovalent_conc - concentration de cations monovalents en mM, par défaut 50 mM
-dv divalent_conc - concentration de cations divalents en mM, par défaut 0 mM
-n dNTP_conc - concentration de désoxynycléotide triphosphate en mM, par défaut 0
mM
-d dna_conc - concentration de brins d'ADN en nM, par défaut 50 nM
-a mode - type d'alignement, END1, END2, ANY et HAIRPIN, par défaut ANY (quand
duplex)
-t temp - température à laquelle le duplex est calculé, par défaut 37C
-r - provoque l'affichage de l'alignement sur stderr, _only_ Tm est
imprimé
-maxloop size - la taille maximale des boucles de structures secondaires.
La valeur par défaut est 30 (il s'agit actuellement de la longueur maximale autorisée).
-chemin - le chemin vers les fichiers de paramètres thermodynamiques
-s1 ADN_oligomère
-s2 ADN_oligomère
AUTEURS
Cette page de manuel a été créée par Andreas Tille[email protected]> utiliser help2man pour Debian
mais peut être librement utilisé à d'autres fins
Utilisez ntthal en ligne en utilisant les services onworks.net
