Il s'agit de la commande oddcompe qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
oddcomp - Identifie les protéines avec une composition de mot de séquence spécifiée
SYNOPSIS
comptine -séquence suite -dans le fichier dans le fichier -pleine fenêtre basculer -la fenêtre entier
-ignorerbz booléen -fichier de sortie fichier de sortie
comptine -Aide
DESCRIPTION
comptine est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open
suite logicielle"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Protein:Composition".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
-dans le fichier dans le fichier
Il s'agit d'un fichier au format de la sortie produite par 'compseq' qui est utilisé pour définir
les fréquences minimales des mots dans cette analyse.
Requis
-pleine fenêtre basculer
Définissez cette option sur (Y) si vous souhaitez que la taille de la fenêtre corresponde à la longueur du
protéine actuelle. Sinon, laissez cette option non définie, auquel cas vous serez invité
pour une taille de fenêtre à utiliser. Valeur par défaut : N
-la fenêtre entier
C'est la taille de la fenêtre dans laquelle compter. Ainsi, si vous voulez compter les fréquences dans
un tronçon de 40 aa, vous devez entrer 40 ici. Valeur par défaut : 30
Avancé
-ignorerbz booléen
Le code d'acide aminé B représente l'asparagine ou l'acide aspartique et le code Z représente
Glutamine ou acide glutamique. Ce ne sont pas des codes couramment utilisés et vous souhaiterez peut-être ne pas
comptez les mots les contenant, en les notant simplement dans le compte des « autres » mots. Défaut
valeur : O
Sortie
-fichier de sortie fichier de sortie
C'est le fichier des résultats.
Utilisez oddcompe en ligne en utilisant les services onworks.net
