Il s'agit de la commande tcodee qui peut être exécutée dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks en utilisant l'un de nos multiples postes de travail en ligne gratuits tels que Ubuntu Online, Fedora Online, l'émulateur en ligne Windows ou l'émulateur en ligne MAC OS
PROGRAMME:
Nom
tcode - Identifiez les régions codant pour les protéines à l'aide de la statistique Fickett TESTCODE
SYNOPSIS
tcode -séquence suite -fichier de données fichier de données -la fenêtre entier -étape entier -terrain basculer
-fichier de sortie rapport -graphique xygraphe
tcode -Aide
DESCRIPTION
tcode est un programme en ligne de commande d'EMBOSS (« the European Molecular Biology Open Software
Suite"). Il fait partie du ou des groupes de commandes "Nucleic:Gene finding".
OPTIONS
Entrée
-séquence suite
-fichier de données fichier de données
Le fichier de données par défaut est Etcode.dat et contient les probabilités de codage pour chaque base.
Les probabilités concernent à la fois les informations de position et de composition. Défaut
valeur : Etcode.dat
Requis
-la fenêtre entier
Il s'agit du nombre de bases nucléotidiques sur lesquelles la statistique TESTCODE sera
effectué à chaque fois. La fenêtre glissera alors le long de la séquence, couvrant le même
nombre de bases à chaque fois. Valeur par défaut : 200
Avancé
-étape entier
La fenêtre sélectionnée va, par défaut, glisser le long de la séquence nucléotidique de trois
bases à la fois, en conservant la trame (bien que l'algorithme ne soit pas sensible à la trame).
Cela peut être modifié pour augmenter ou diminuer l'incrément de la diapositive. Valeur par défaut:
3
Sortie
-terrain basculer
Lors de la sélection, un graphique de la séquence (axe X) tracé en fonction du score de codage (Y
axe) s'affichera. La séquence au-dessus de la ligne verte est codée, celle en dessous de la ligne rouge
la ligne n'est pas codée. Valeur par défaut : N
-fichier de sortie rapport
-graphique xygraphe
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