Il s'agit de l'application Linux nommée CpDB à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom CpDB.20150623.static.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée CpDB pour fonctionner gratuitement sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CpDB pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Ce logiciel nous permet de créer une base de données relationnelle dans Postgres pour héberger des génomes bactériens complets. Outre la base de données, il existe également des outils logiciels, comme un analyseur, pour convertir les fichiers EMBL ou GBK en schéma relationnel CpDB. Une fois dans la CpDB, on peut extraire un nombre illimité de rapports d'un génome bactérien en utilisant SQL. Ce logiciel fait partie du doctorat. en bioinformatique d'Anderson Santos et a été développé dans le cadre du projet pangénome de Corynebacterium pseudotuberculosis (Cp). Le pangénome Cp a livré à la communauté scientifique 15 souches bactériennes déposées dans la base de données GenBank, entre les années 2009 et 2012. La thèse complète a été rédigée en portugais-br. Un chapitre de livre expliquant en anglais pourquoi et à quoi sert ce logiciel est disponible à l'adresse : http://www.intechopen.com/articles/show/title/whole-genome-annotation-in-silico-analysis. CpDB était également l'épine dorsale de l'outil Pannotator : http://pannotator.facom.ufu.brProfitez-en.
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
C, PL/SQL
Environnement de base de données
PostgreSQL (pgsql)
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/cpdb/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
