Il s'agit de l'application Linux nommée denovo_solid_pipeline à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom denovo_solid_pipeline_1.0.1.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée denovo_solid_pipeline pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
denovo_solid_pipeline pour fonctionner sous Linux en ligne
Ad
DESCRIPTION
denovo_solid_pipeline (DSP) est un pipeline semi-automatisé pour l'assemblage de génomes courts à l'aide de données de séquençage SOLiD. Les principales caractéristiques du pipeline sont l'optimisation du nombre d'exécutions de correction de lecture et des ressources de calcul via une programmation dynamique. Le DSP a également l'avantage par rapport au pipeline actuellement disponible (denovo2) de générer plus de contigs adaptés à d'autres étapes d'assemblage, augmentant les chances de détecter des erreurs de séquençage et/ou des sites polymorphes.Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Shell Unix
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/denovosolid/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
