Il s'agit de l'application Linux nommée ForceGen dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom ForceGenV0.4.jar. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée ForceGen avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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ForceGen
DESCRIPTION
Veuillez citer :ForceGen : dérivation de constante de liaison covalente atomique pour Gromacs. Nash A, Collier T, Birch HL, de Leeuw NH. Journal de modélisation moléculaire (2018), (24)5. DOI : 10.1007/s00894-017-3530-6
Vidéo d'instruction:
https://youtu.be/fQVXv8Ge_tg
Ce pot exécutable Java dérive des constantes de force de liaison de second ordre pour l'étirement et l'angle de liaison à partir de calculs gaussiens de mécanique quantique. Les calculs sont compatibles avec la famille des champs de force de l'Ambre ou tout champ de force dérivé du tenseur du second ordre de la Hesse à partir de fragments moléculaires. La sortie a été rendue compatible avec le format de topologie Gromacs.
Des exemples d'utilisation incluent la dérivation des constantes de force de liaison et des valeurs d'équilibre pour :
-métaux liés dans les sites actifs des protéines
-acides aminés modifiés
-petites molécules/molécules médicamenteuses
Un zip d'exemples de fichiers peut être trouvé en suivant le lien "Parcourir tous les fichiers".
Écrit par le Dr Anthony Nash (Oxford)
Soutenu par le Dr Thomas Collier, le professeur Helen Birch &
Fonctionnement
- Dérivation constante de la force d'étirement de la liaison
- Dérivation constante de force d'angle de liaison
- Compatibilité avec la topologie Gromacs
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/forcegen/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
