Il s'agit de l'application Linux nommée Hierachical_DNAcoder à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Sourcecode.zip. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Hierachical_DNAcoder pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Hierachical_DNAcoder pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
Le stockage et le transfert de données de grands génomes deviennent des préoccupations importantes pour les chercheurs biomédicaux. Nous présentons une nouvelle méthode de compression du génome basée sur plusieurs références avec une structure hiérarchique. Notre approche fonctionne pour la compression de format d'alignement standard de facto (c'est-à-dire BAM) qui est le besoin pressant à l'heure actuelle. Nous alignons de nouvelles séquences sur une séquence de référence à l'aide de SOAP3, un logiciel d'alignement basé sur GPU, et résumons les propriétés et les informations de mappage pour des lectures mappées exactes. Pour augmenter le taux d'alignement exact, nous réalignons également les lectures approximativement mappées et non mappées en modifiant la séquence de référence ou en raccourcissant la longueur de lecture. Pendant ce temps, nous approfondissons l'étude en utilisant des valeurs de qualité « avec perte » par le biais d'un schéma de clustering à k-moyennes et trouvons son effet infime sur les applications en aval. La méthode proposée a atteint des taux de compression de 0.5 à 0.65, ce qui correspond à des économies d'espace de 35% à 50%, sur les ensembles de données expérimentaux.Fonctionnement
- Efficace
- Rapide
- Prometteur
Audience
Technologie de l'information, Science/Recherche, Ingénierie
Langage de programmation
C + +
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/hierachicaldnac/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
