Il s'agit de l'application Linux nommée mitoMaker à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom mitoMaker_1.14.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée mitoMaker pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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mitoMaker pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION
mitoMaker est un script de pipeline développé pour simplifier l'assemblage et l'annotation automatique des génomes mitochondriaux, basé sur des lectures NGS brutes et une référence cible facultative.mitoMaker appelle des assembleurs et des algorithmes bien connus, tels que SOAPdenovo, MIRA et blast+ et analyse leurs résultats en fournissant des sorties facilement lisibles, telles que FASTA, GENBANK, SEQUIN, PNG et autres.
Canalisation générale :
Assemblage De Novo 1 itératif, avec différentes valeurs k-mer, essayant d'assembler une construction qui correspond à un génome mitochondrial cible donné.
2-recherche de toutes les caractéristiques des gènes mitochondriaux et de la circularisation.
3-stocke le meilleur résultat trouvé.
4-utilise le meilleur assemblage comme épine dorsale pour un assemblage de référence, en utilisant MIRA et MITObim, en essayant d'étendre le mitogénome et de combler les lacunes.
5-annote le meilleur assemblage, identifiant la position de début et de fin de chaque élément.
6-crée un dossier avec tous les résultats (PNG, GENBANK, FASTA, SEQUIN, CAF, MAF et un fichier journal des statistiques).
Caractéristiques
- Annotation automatique des génomes mitochondriaux
- Assemblage automatique basé sur des lectures brutes
- Très personnalisable via la ligne de commande
Audience
Science / Recherche
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
Python
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/mitomaker/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
