Il s'agit de l'application Linux nommée QSdpR à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom QSdpR_v3.2.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée QSdpR pour une exécution gratuite sous Linux en ligne avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
QSdpR pour fonctionner sous Linux en ligne
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DESCRIPTION
Il s'agit d'un logiciel de reconstruction de quasi-espèces virales pour le problème d'assemblage de quasi-espèces sur les virus à ARNm, qui est basé sur une approche de clustering par corrélation et utilise un cadre d'optimisation semi-défini. Le logiciel accepte un génome de référence, un ensemble de lecture NGS aligné sur cette référence et un ensemble d'emplacements SNP sous la forme d'un fichier vcf et génère un ensemble optimal de génomes d'espèces reconstruits qui décrivent la population virale sous-jacente.Features
- Quasi-espèce
- virus à ARNm
- regroupement
- Programme semi-défini
- virus VIH-1
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Shell Unix, Python, C
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/qsdpr/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
