Il s'agit de l'application Linux nommée Reconstruction automatique de la lignée cellulaire dont la dernière version peut être téléchargée sous testData.zip. Il peut être exécuté en ligne chez le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez gratuitement en ligne cette application nommée Reconstruction automatique de la lignée cellulaire avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
CAPTURES D'ÉCRAN
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Reconstruction automatique de la lignée cellulaire
DESCRIPTION
D'après Amat et al., Nature Methods, 2014* :
"La reconstruction complète des lignées cellulaires dans des organismes multicellulaires complexes est un objectif central de la biologie du développement. Nous présentons un cadre informatique open source pour la segmentation et le suivi des noyaux cellulaires avec une précision et une vitesse élevées. Nous démontrons sa (1) généralité, en reconstruisant lignées cellulaires dans des données d'images quadridimensionnelles de la taille d'un téraoctet d'embryons de mouche des fruits, de poisson zèbre et de souris, acquises avec trois types différents de microscopes à fluorescence, (2) évolutivité, en analysant les stades avancés de développement avec jusqu'à 20,000 26,000 cellules par point de temps , à 1 3 cellules min-97.0 sur un seul poste de travail informatique, et (XNUMX) la facilité d'utilisation, en ajustant seulement deux paramètres sur tous les ensembles de données et en fournissant des outils de visualisation et d'édition pour une conservation efficace des données. Notre approche atteint une précision de liaison moyenne de XNUMX % à travers toutes les espèces et modalités d'imagerie."
*Veuillez citer cet article si vous utilisez ce code pour votre recherche
Audience
Science/Recherche, Utilisateurs finaux/De bureau
Interface utilisateur
Console/Terminal
Langage de programmation
C++, C
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/tgmm/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.
