Il s'agit de l'application Linux nommée BamBam dont la dernière version peut être téléchargée en tant que bambam-1.4.tgz. Il peut être exécuté en ligne dans le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne gratuitement cette application nommée BamBam avec OnWorks.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
BamBam
DESCRIPTION:
BamBam comprend de nombreux outils pour analyser les données de séquençage de l'ADN de nouvelle génération. Des outils sont fournis pour appeler les SNP et les indels, identifier les suppressions à grande échelle, tabuler le nombre de lectures mappées, analyser la méthylation, etc.
Dépend de SAMtools (http://samtools.sourceforge.net/) et BAMtools (https://github.com/pezmaster31/bamtools). Utilise également BioPerl, qui est inclus dans l'archive de téléchargement.
Fonctionnalités:
- appeler les SNP et les indels
- imputer des génotypes
- construire des séquences de consensus
- tabuler le nombre de lectures mappées (RNA-seq)
- déduire le phasage de l'haplotype avec le clustering K-means
- analyser la méthylation de l'ADN (séquençage bisulfite)
Audience
Science / Recherche
Langage de programmation
Perl, C++
Catégories
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/bambam/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.