Il s'agit de l'application Linux nommée PRIMUS à exécuter sous Linux en ligne dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom URLtoLastestPRIMUSversion.txt. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée PRIMUS pour fonctionner sous Linux en ligne avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
PRIMUS pour fonctionner sous Linux en ligne
DESCRIPTION:
NOUVEAU : Téléchargez la nouvelle version avec Pedigree Reconstruction sur primus.gs.washington.eduCette version est obsolète et incomplète. Veuillez visiter le nouveau site Web pour la version complète de PRIMUS.
Nous présentons une méthode adaptée de la théorie des graphes qui identifie toujours l'ensemble maximal d'individus non apparentés dans n'importe quel ensemble de données et permet d'utiliser des paramètres de pondération dans la sélection d'échantillons non apparentés. PRIMUS lit les estimations IBD générées par l'utilisateur et génère l'ensemble maximum possible d'individus non apparentés, étant donné un seuil spécifié de parenté. Des informations supplémentaires pour la sélection préférentielle d'individus peuvent également être utilisées. Par exemple, lorsqu'il y a deux ensembles maximum d'individus non apparentés de taille égale dans un réseau, PRIMUS peut sélectionner préférentiellement l'ensemble avec les individus les plus affectés.
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Logiciels concernés :
http://students.washington.edu/jeanm5/Simulate_IBD_Python.ta
Fonctionnalités:
- Identifie l'ensemble maximal d'individus non apparentés à partir d'un ensemble de données génétiques
- Regroupe les échantillons en réseaux familiaux
- Génère des fichiers .dot pour visualiser les réseaux familiaux
Audience
Industrie de la santé, Science/Recherche, Éducation
Langage de programmation
Perl
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée à partir de https://sourceforge.net/projects/primus-beta/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.