Il s'agit de l'application Linux nommée SOAPdenovo2 dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom SOAPdenovo2-src-r240.tgz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée SOAPdenovo2 avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez l'émulateur en ligne OnWorks Linux ou Windows en ligne ou l'émulateur en ligne MACOS à partir de ce site Web.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Linux que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application, installez-la et exécutez-la.
SAVONdenovo2
DESCRIPTION:
Quelle est la prochaine étape de SOAPdenovo2 :
MEGAHIT est le successeur officiel de SOAPdenovo2
MEGAHIT : une solution à nœud unique ultra-rapide pour l'assemblage métagénomique complexe et volumineux via un graphique de Bruijn succinct
http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/25609793
https://github.com/voutcn/megahit
Dernier code sur GitHub :
https://github.com/aquaskyline/SOAPdenovo2
SOAPdenovo est une nouvelle méthode d'assemblage à lecture courte qui peut créer un projet d'assemblage de novo pour les génomes de taille humaine. Le programme est spécialement conçu pour assembler de courtes lectures Illumina. Il crée de nouvelles opportunités pour construire des séquences de référence et effectuer des analyses précises de génomes inexplorés de manière rentable. SOAPdenovo2 est le successeur de SOAPdenovo. Citez l'article publié dans GigaScience (voir site Web ci-dessous) si vous souhaitez citer SOAPdenovo2.
Audience
Science/Recherche, Développeurs
Interface utilisateur
Ligne de commande
Langage de programmation
C++, C
Environnement de base de données
Fichier plat
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/soapdenovo2/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.