Il s'agit de l'application Windows nommée Tax4Fun2 dont la dernière version peut être téléchargée sous le nom Tax4Fun2_1.1.3.tar.gz. Il peut être exécuté en ligne sur le fournisseur d'hébergement gratuit OnWorks pour les postes de travail.
Téléchargez et exécutez en ligne cette application nommée Tax4Fun2 avec OnWorks gratuitement.
Suivez ces instructions pour exécuter cette application :
- 1. Téléchargé cette application sur votre PC.
- 2. Entrez dans notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous voulez.
- 3. Téléchargez cette application dans ce gestionnaire de fichiers.
- 4. Démarrez n'importe quel émulateur en ligne OS OnWorks à partir de ce site Web, mais un meilleur émulateur en ligne Windows.
- 5. Depuis le système d'exploitation OnWorks Windows que vous venez de démarrer, accédez à notre gestionnaire de fichiers https://www.onworks.net/myfiles.php?username=XXXXX avec le nom d'utilisateur que vous souhaitez.
- 6. Téléchargez l'application et installez-la.
- 7. Téléchargez Wine depuis les dépôts de logiciels de vos distributions Linux. Une fois installé, vous pouvez ensuite double-cliquer sur l'application pour les exécuter avec Wine. Vous pouvez également essayer PlayOnLinux, une interface sophistiquée sur Wine qui vous aidera à installer des programmes et des jeux Windows populaires.
Wine est un moyen d'exécuter un logiciel Windows sur Linux, mais sans Windows requis. Wine est une couche de compatibilité Windows open source qui peut exécuter des programmes Windows directement sur n'importe quel bureau Linux. Essentiellement, Wine essaie de ré-implémenter suffisamment de Windows à partir de zéro pour qu'il puisse exécuter toutes ces applications Windows sans avoir réellement besoin de Windows.
Tax4Fun2
DESCRIPTION:
Tax4Fun2 est le constamment en développement et remplacera l'ancien Tax4Fun (http://tax4fun.gobics.de/).La nouvelle version a été construite sur 275 génomes d'archées et 12102 génomes bactériens (état complet ou chromosomique dans RefSeq). Je n'ai pas inclus de MAG ou de génomes très incomplets mais l'une des caractéristiques importantes de Tax4Fun2 est sa capacité à incorporer les données des utilisateurs (les procaryotes et les eucaryotes sont pris en charge). De plus, nous avons ajouté une fonctionnalité pour calculer les indices de redondance (multi-)fonctionnelle. J'ai ajouté un exemple, comment prédire les profils fonctionnels et la redondance fonctionnelle. Pour plus de détails: https://www.biorxiv.org/content/early/2018/12/09/490037 (Notez qu'il s'agit d'une préimpression et qu'il n'y a pas encore eu d'examen par les pairs).
Vous devrez avoir installé NCBI BLAST+ sur votre système avant de pouvoir l'utiliser. Pour certaines fonctions, vous devez avoir installé les packages R ape et seqinr.
Si vous avez des problèmes ou des questions, veuillez me contacter (bwemheu@gwdg.de).
Features
- Prédiction fonctionnelle à partir de données d'ARNr 16S
- Redondance fonctionnelle
Il s'agit d'une application qui peut également être récupérée sur https://sourceforge.net/projects/tax4fun2/. Il a été hébergé dans OnWorks afin d'être exécuté en ligne de la manière la plus simple à partir de l'un de nos systèmes d'exploitation gratuits.