क्लोनलफ़्रेम - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

क्लोनलफ़्रेम - मल्टीलोकस अनुक्रम डेटा का उपयोग करके बैक्टीरिया के सूक्ष्म विकास का अनुमान

SYNOPSIS

क्लोनलफ़्रेम [विकल्प] इनपुटफ़ाइल आउटपुटफ़ाइल

वर्णन

ClonalFrame एक नमूने के सदस्यों के बीच क्लोनल संबंधों की पहचान करता है
सजातीय पुनर्संयोजन घटनाओं की गुणसूत्र स्थिति का भी अनुमान लगाना
क्लोनल वंशानुक्रम को बाधित किया।

विकल्प:

-x NUM बर्न-इन के बाद पुनरावृत्तियों की संख्या निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट 50000 है)

-y NUM बर्न-इन पुनरावृत्तियों की संख्या निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट 50000 है)

-z NUM नमूनों के बीच पुनरावृत्तियों की संख्या निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट 100 है)

-e NUM प्रति पुनरावृत्तियों में शाखा-स्वैपिंग चालों की संख्या निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट इतना है कि आधा
शाखाओं की अदला-बदली में समय व्यतीत होता है)

-m NUM थीटा का प्रारंभिक मान NUM पर सेट करता है (डिफ़ॉल्ट वॉटरसन अनुमान है)

-d NUM डेल्टा का प्रारंभिक मान NUM पर सेट करता है (डिफ़ॉल्ट 0.001 है)

-n NUM nu का प्रारंभिक मान NUM पर सेट करता है (डिफ़ॉल्ट 0.01 है)

-r NUM R का प्रारंभिक मान NUM पर सेट करता है (डिफ़ॉल्ट प्रारंभिक थीटा/10 है)

-M थीटा का मान अद्यतन करें

-D डेल्टा का मान अपडेट न करें

-N नू का मान अद्यतन न करें

-R R का मान अपडेट न करें

-T टोपोलॉजी को अपडेट न करें

-A नोड्स की आयु अपडेट न करें

-G सभी अंतराल दूर करें

-H गैर-बहुरूपी स्थितियों में सभी अंतरालों को दूर करें

-t NUM इंगित करें कि किस प्रारंभिक पेड़ का उपयोग करना है: शून्य पेड़ के लिए 0, समान रूप से चुने गए पेड़ के लिए 1
सहसंयोजक वृक्ष और यूपीजीएमए वृक्ष के लिए 2 (डिफ़ॉल्ट)

-w फ़ाइल
आरंभिक ट्री के लिए न्यूविक फ़ाइल का उपयोग करें

-a NUM, nu के बीटा पूर्व वितरण का पहला पैरामीटर सेट करता है

-b NUM, nu के बीटा पूर्व वितरण का दूसरा पैरामीटर सेट करता है

-U आरएचओ, थीटा और डेल्टा के लिए एकसमान प्रायर का उपयोग करें

-B बर्स्ट मोड में चलाएँ

-C साइट-दर-साइट बूटस्ट्रैप प्रक्रिया के साथ UPGMA मोड में चलाएँ

-c खंड-दर-खंड बूटस्ट्रैप प्रक्रिया के साथ UPGMA मोड में चलाएँ

-S NUM यादृच्छिक संख्या जनरेटर के लिए बीज को NUM पर सेट करता है

-E NUM घातीय वृद्धि की दर निर्धारित करता है (डिफ़ॉल्ट 0 है)

-I संरेखण में पहले ब्लॉक को अनदेखा करता है

-L ClonalFrame चलाने से पहले संरेखण को साफ़ करें

-l दो संदर्भ स्थलों के बीच न्यूनतम दूरी (डिफ़ॉल्ट 50 है)

-v वाचाल प्रकार

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