कंस्ट्रक्ट - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

कंपस्ट्रक्ट - आरएनए माध्यमिक संरचना भविष्यवाणियों की सटीकता की गणना करें

SYNOPSIS

रचना [विकल्प] Trusted_file टेस्ट_फाइल

वर्णन

रचना आरएनए माध्यमिक संरचना भविष्यवाणियों की सटीकता का मूल्यांकन करता है-
आधार-जोड़ी आधार। Trusted_file इसमें विश्वसनीय (ज्ञात) आरएनए के साथ एक या अधिक अनुक्रम शामिल हैं
द्वितीयक संरचना एनोटेशन. टेस्ट_फाइल समान क्रम, उसी में समाहित है
क्रम, अनुमानित आरएनए माध्यमिक संरचना एनोटेशन के साथ। रचना संरचनाओं को पढ़ता है
और उनकी तुलना करता है, और दोनों संवेदनशीलता (सच्चे आधार जोड़े की संख्या) की गणना करता है
सही ढंग से भविष्यवाणी की गई है) और विशिष्टता (सकारात्मक पूर्वानुमानित मूल्य, की संख्या)।
पूर्वानुमानित आधार जोड़े जो सत्य हैं)। प्रत्येक व्यक्तिगत अनुक्रम के लिए परिणाम रिपोर्ट किए जाते हैं,
और सभी अनुक्रमों का एक साथ सारांश।

दोनों फ़ाइलों में WUSS नोटेशन में द्वितीयक संरचना एनोटेशन होना चाहिए। केवल SELEX और
स्टॉकहोम प्रारूप वर्तमान में संरचना मार्कअप का समर्थन करते हैं।

सही ढंग से अनुमानित आधार जोड़ी की डिफ़ॉल्ट परिभाषा यह है कि एक सच्ची जोड़ी (i,j) अवश्य होनी चाहिए
पूर्वानुमानित जोड़ी (i,j) से बिल्कुल मेल खाता है।

मैथ्यूज़, ज़ुकर, टर्नर और सहकर्मी (देखें: मैथ्यूज़ एट अल., जेएमबी 288:911-940, 1999) एक का उपयोग करें
अधिक आरामदायक परिभाषा. मैथ्यूज़ "सही" को इस प्रकार परिभाषित करते हैं: एक सच्चा जोड़ा (i,j) है
यदि निम्नलिखित में से किसी भी जोड़े की भविष्यवाणी की गई है तो सही भविष्यवाणी की गई है: (i,j), (i+1,j), (i-1,j),
(i,j+1), या (i,j-1). यह नियम "स्लिप्ड हेलिकॉप्टर" को एक आधार से बंद करने की अनुमति देता है। -m
विकल्प इस नियम को संवेदनशीलता और विशिष्टता दोनों के लिए सक्रिय करता है। विशिष्टता के लिए,
नियम उलटा है: यदि वास्तविक संरचना है तो अनुमानित जोड़ी (i,j) को सत्य माना जाता है
पाँच जोड़ों (i,j), (i+1,j), (i-1,j), (i,j+1), या (i,j-1) में से एक शामिल है।

विकल्प

-h संक्षिप्त सहायता प्रिंट करें; संस्करण संख्या और सभी विकल्पों का सारांश शामिल है, जिसमें शामिल हैं
विशेषज्ञ विकल्प।

-m सटीक की आवश्यकता के बजाय मैथ्यूज के शिथिल सटीकता नियम (ऊपर देखें) का उपयोग करें
आधार युग्मों की भविष्यवाणी.

-p विश्वसनीय या पूर्वानुमानित, सटीकता की दिशा में छद्म गाँठ वाले आधार जोड़े की गणना करें
संरचनाएँ। डिफ़ॉल्ट रूप से, छद्म गांठों को नजरअंदाज कर दिया जाता है।

आम तौर पर, केवल Trusted_file अधिकांश आरएनए के बाद से स्यूडोकनॉट एनोटेशन होगा
द्वितीयक संरचना भविष्यवाणी कार्यक्रम स्यूडोकोनॉट्स की भविष्यवाणी नहीं करते हैं। का उपयोग -p
विकल्प आपको ज्ञात भविष्यवाणी न करने के लिए भविष्यवाणी कार्यक्रम को दंडित करने की अनुमति देता है
छद्म गांठें ऐसे मामले में जहां दोनों Trusted_file और टेस्ट_फाइल है
स्यूडोनॉट एनोटेशन, द -p विकल्प आपको मूल्यांकन में छद्म गांठें गिनने देता है
भविष्यवाणी सटीकता. हालाँकि, ऐसे मामले से सावधान रहें जहाँ आप स्यूडोनॉट-सक्षम का उपयोग करते हैं
उत्पन्न करने के लिए भविष्यवाणी कार्यक्रम परीक्षण_फ़ाइल, लेकिन वो Trusted_file नहीं है
स्यूडोनॉट एनोटेशन; इस मामले में, -p किसी भी पूर्वानुमानित छद्म गाँठ को दंडित किया जाएगा
जब यह विशिष्टता की गणना करता है, भले ही वे सही हों, क्योंकि वे प्रकट नहीं होते हैं
विश्वसनीय एनोटेशन; संभवतः यह वह नहीं है जो आप करना चाहेंगे।

विशेषज्ञ विकल्प

--सूचना
निर्दिष्ट करें कि दो अनुक्रम फ़ाइलें प्रारूप में हैं . In इसका मामला, के छात्रों फ़ाइलों
चाहिए be in la वही प्रारूप। डिफ़ॉल्ट फ़ाइल स्वरूपों का स्वतः पता लगाना है, जिसमें
मामले में वे भिन्न हो सकते हैं (एक SELEX, एक स्टॉकहोम)।

--शांत
किसी भी वर्बोज़ हेडर जानकारी को प्रिंट न करें।

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