यह कमांड ग्लैम2-पर्ज है जिसे हमारे कई मुफ्त ऑनलाइन वर्कस्टेशन जैसे कि उबंटू ऑनलाइन, फेडोरा ऑनलाइन, विंडोज ऑनलाइन एमुलेटर या मैक ओएस ऑनलाइन एमुलेटर का उपयोग करके ऑनवर्क्स फ्री होस्टिंग प्रदाता में चलाया जा सकता है।
कार्यक्रम:
नाम
glam2-purge - FASTA फ़ाइल से अनावश्यक अनुक्रम हटाता है
SYNOPSIS
ग्लैम2-पर्ज पट्टिका स्कोर [विकल्पों]
वर्णन
ग्लैम2-पर्ज एंड्रयू न्यूवाल्ड्स का एक संशोधित संस्करण है शुद्ध करना प्रोग्राम जो अनावश्यक को हटा देता है
FASTA फ़ाइल से अनुक्रम। अत्यधिक समानता को रोकने के लिए इसकी अनुशंसा की जाती है
रूपांकनों की खोज को विकृत करने वाले अनुक्रम। पर्ज या तो डीएनए या प्रोटीन के साथ काम करता है
अनुक्रम और एक आउटपुट फ़ाइल बनाता है जैसे कि किसी भी दो अनुक्रम में (अंतराल रहित) स्थानीय नहीं होता है
संरेखण स्कोर उपयोगकर्ता द्वारा निर्दिष्ट सीमा से अधिक है। आउटपुट फ़ाइल को नाम दिया गया है
. . संरेखण स्कोर प्रोटीन के लिए BLOSUM62 मैट्रिक्स और a पर आधारित है
डीएनए के लिए +5/-1 स्कोरिंग योजना। पर्ज का उपयोग टेंडेम दोहराव को छिपाने के लिए भी किया जा सकता है। इसका उपयोग करता है
इस उद्देश्य के लिए XNU कार्यक्रम।
विकल्प
-n
अनुक्रम डीएनए हैं (डिफ़ॉल्ट: प्रोटीन)।
-b
ब्लास्ट ह्यूरिस्टिक विधि (प्रोटीन के लिए डिफ़ॉल्ट) का उपयोग करें।
-e
एक विस्तृत विधि का उपयोग करें (डीएनए के लिए डिफ़ॉल्ट)।
-q
सेट में पहला क्रम रखें.
-x
प्रोटीन अग्रानुक्रम दोहराव को छिपाने के लिए xnu का उपयोग करें।
onworks.net सेवाओं का उपयोग करके ऑनलाइन glam2-purge का उपयोग करें