जीएमएक्स-शाम - क्लाउड में ऑनलाइन

कार्यक्रम:

नाम

जीएमएक्स-शैम - हिस्टोग्राम से मुक्त ऊर्जा या अन्य हिस्टोग्राम की गणना करें

SYNOPSIS

जीएमएक्स दिखावा [-f [<.xvg>]] [-देना [<.xvg>]] [-एने [<.xvg>]] [-जिला [<.xvg>]]
[-हिस्टो [<.xvg>]] [-बिन [<.ndx>]] [-एलपी [<.xpm>]]
[-LS [<.xpm>]] [-lsh [<.xpm>]] [-एलएसएस [<.xpm>]]
[-ls3 [<.pdb>]] [-g [<.लॉग>]] [-[अभी] [-xvg ]
[-[समय नहीं है] [-b ] [-e ] [-टीटोल ]
[-n ] [-[सिर हिलाकर सहमति देना] [-[नहीं]दिखावा] [-तशम ]
[-pmin ] [-डिमो ] [-ngrid ]
[-xmin ] [-xmax ] [-pmax ]
[-जीमैक्स ] [-एमिन ] [-एमैक्स ]
[-नलेवल ]

वर्णन

GMX दिखावा बहुआयामी मुक्त-ऊर्जा, एन्थैल्पी और एन्ट्रापी प्लॉट बनाता है। GMX दिखावा पढ़ता
एक या अधिक .xvg फ़ाइलें और डेटा सेट का विश्लेषण करता है। का मूल उद्देश्य GMX दिखावा साजिश करना है
गिब्स मुक्त ऊर्जा परिदृश्य (विकल्प) -LS) बोल्ज़मैन द्वारा बहुआयामी उलटा
हिस्टोग्राम (विकल्प) -एलपी), लेकिन यह एन्थैल्पी (विकल्प) भी बना सकता है -lsh) और एन्ट्रापी (विकल्प)
-एलएसएस) प्लॉट. उपयोगकर्ता द्वारा आपूर्ति की जाने वाली किसी भी मात्रा के लिए हिस्टोग्राम बनाए जा सकते हैं। में एक पंक्ति
इनपुट फ़ाइल एक समय के साथ शुरू हो सकती है (विकल्प देखें)। -पहर) और किसी भी संख्या में y-मूल्य हो सकते हैं
अनुसरण करना। एकाधिक सेटों को तब भी पढ़ा जा सकता है जब उन्हें & (विकल्प) से अलग किया जाता है -n), इस में
मामला केवल एक y-मूल्य प्रत्येक पंक्ति से पढ़ा जाता है। # और @ से शुरू होने वाली सभी पंक्तियाँ हैं
छोड़ दिया

विकल्प -देना जब संयोजन न हो तो फ़ाइल को निःशुल्क ऊर्जा प्रदान करने के लिए उपयोग किया जा सकता है
बोल्ट्ज़मैन पहनावा, लेकिन इस मुक्त ऊर्जा से पक्षपाती होने की जरूरत है। एक मुक्त ऊर्जा मूल्य है
में प्रत्येक (बहुआयामी) डेटा बिंदु के लिए आवश्यक है -f इनपुट।

विकल्प -एने किसी फ़ाइल को ऊर्जा प्रदान करने के लिए इसका उपयोग किया जा सकता है। इन ऊर्जाओं का उपयोग एक के रूप में किया जाता है
कुमार एट अल द्वारा एकल हिस्टोग्राम विश्लेषण विधि में वेटिंग फ़ंक्शन। कब
तापमान की आपूर्ति की जाती है (फ़ाइल में दूसरे कॉलम के रूप में), एक प्रयोगात्मक भार
योजना लागू है. इसके अलावा घाटियों का उपयोग एन्थैल्पी और एन्ट्रापी प्लॉट बनाने के लिए किया जाता है।

विकल्प के साथ -डिमो, दूरियों के लिए आयाम दिए जा सकते हैं। जब दूरी 2- या हो
3-आयामी, दो कणों द्वारा नमूना की गई परिधि या सतह बढ़ती है
बढ़ती दूरी. इस पर निर्भर करते हुए कि कोई क्या दिखाना चाहता है, कोई सही करना चुन सकता है
इस आयतन प्रभाव के लिए हिस्टोग्राम और मुक्त-ऊर्जा। संभावना को r द्वारा सामान्यीकृत किया जाता है
और r^2 क्रमशः 2 और 3 के आयामों के लिए। -1 का मान इंगित करने के लिए उपयोग किया जाता है
दो सदिशों के बीच डिग्री में कोण: एक पाप (कोण) सामान्यीकरण लागू किया जाएगा। नोट
सदिशों के बीच के कोणों के लिए आंतरिक-उत्पाद या कोसाइन प्राकृतिक मात्रा है
उपयोग करें, क्योंकि इससे समान मात्रा के डिब्बे तैयार होंगे।

विकल्प

इनपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-f [<.xvg>] (ग्राफ.xvg)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-देना [<.xvg>] (गिब्स.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-एने [<.xvg>] (esham.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

आउटपुट फ़ाइलों को निर्दिष्ट करने के विकल्प:

-जिला [<.xvg>] (ener.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-हिस्टो [<.xvg>] (edist.xvg) (वैकल्पिक)
xvgr/xmgr फ़ाइल

-बिन [<.ndx>] (बाइंडेक्स.एनडीएक्स) (वैकल्पिक)
अनुक्रमणिका फ़ाइल

-एलपी [<.xpm>] (प्रोब.एक्सपीएम) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-LS [<.xpm>] (गिब्स.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-lsh [<.xpm>] (एन्थैल्पी.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-एलएसएस [<.xpm>] (एन्ट्रॉपी.xpm) (वैकल्पिक)
एक्स पिक्समैप संगत मैट्रिक्स फ़ाइल

-ls3 [<.pdb>] (गिब्स3.पीडीबी) (वैकल्पिक)
प्रोटीन डेटा बैंक फ़ाइल

-g [<.लॉग>] (shamlog.log) (वैकल्पिक)
लॉग फ़ाइल

अन्य विकल्प:

-[अभी (नहीं)
आउटपुट देखें .xvg, .एक्सपीएम, ईपीएस और .पीडीबी फ़ाइलों

-xvg
xvg प्लॉट स्वरूपण: xmgrace, xmgr, कोई नहीं

-[समय नहीं है (हाँ)
इनपुट में समय की अपेक्षा करें

-b (-1)
पहली बार सेट से पढ़ने का मौका मिला

-e (-1)
आखिरी बार सेट से पढ़ने का

-टीटोल (0)
उपयुक्त इकाइयों में समय पर सहनशीलता (आमतौर पर पीएस)

-n (1)
केवल एम्परसेंड वाली रेखाओं द्वारा अलग किए गए सेटों की इस संख्या को पढ़ें

-[सिर हिलाकर सहमति देना (नहीं)
व्युत्पन्न का प्रयोग करें

-[नहीं]दिखावा (हाँ)
भले ही ऊर्जा दी गई हो, ऊर्जा भार को बंद कर दें

-तशम (298.15)
एकल हिस्टोग्राम विश्लेषण के लिए तापमान

-pmin (0)
न्यूनतम संभावना. इससे कम कुछ भी शून्य पर सेट किया जाएगा

-डिमो (1 1 1)
दूरियों के लिए आयाम, वॉल्यूम सुधार के लिए उपयोग किया जाता है (अधिकतम 3 मान, आयाम > 3
पिछले के समान ही मूल्य मिलेगा)

-ngrid (32 32 32)
ऊर्जा परिदृश्य के लिए डिब्बे की संख्या (अधिकतम 3 मान, आयाम > 3 मिलेगा
पिछले के समान मान)

-xmin (0 0 0)
ऊर्जा परिदृश्य में अक्षों के लिए न्यूनतम (>3 आयामों के लिए ऊपर देखें)

-xmax (1 1 1)
ऊर्जा परिदृश्य में अक्षों के लिए अधिकतम (>3 आयामों के लिए ऊपर देखें)

-pmax (0)
आउटपुट में अधिकतम संभावना, डिफ़ॉल्ट की गणना की जाती है

-जीमैक्स (0)
आउटपुट में अधिकतम मुक्त ऊर्जा, डिफ़ॉल्ट की गणना की जाती है

-एमिन (0)
आउटपुट में न्यूनतम एन्थैल्पी, डिफ़ॉल्ट की गणना की जाती है

-एमैक्स (0)
आउटपुट में अधिकतम एन्थैल्पी, डिफ़ॉल्ट की गणना की जाती है

-नलेवल (25)
ऊर्जा परिदृश्य के लिए स्तरों की संख्या

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